12例海外华人SARS-CoV-2感染者病毒基因组测序及变异分析
2021-09-09陈建威崔恩海胡国海王晓光季巧英杨伟斌
曾 永，陈建威，崔恩海，胡国海，王晓光，季巧英，丛 迎，杨 阳，杨伟斌
（1. 青田县疾控中心，青田 323900；2. 青岛华大基因研究院，青岛 266555；3. 湖州市中心医院，湖州 313000；4. 深圳国家基因库，深圳 518083；5. 丽水市疾控中心，丽水 323000；6. 丽水市中心医院，丽水 323000）
2019年12 月，湖北省武汉市出现严重急性呼吸综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）引起的新型冠状病毒肺炎（corona virus disease 2019，COVID-19）［1-2］。病毒感染随后蔓延到全国各地，导致严重的呼吸道疾病，严重危害人们的生命健康［3］。除中国外，COVID-19疫情在全球多个国家也出现了，成为国际关注的突发公共卫生事件［4-5］。同时，中国开始出现海外输入性病例，防控病毒的战斗还在继续。
SARS-CoV-2在人群中的持续传播可能会产生适应性突变，因此极有可能会累计基因突变，进而抵抗人类的免疫系统［6］。已有研究表明，基因突变可能会导致新型冠状病毒的毒力、传染性和传播性的改变［7-8］。因此，对不同来源的新冠肺炎病例进行基因组分析有助于了解SARS-CoV-2的变异与感染病程的相关性，从而为疾病预防和控制提供建议。
鉴于患者咽拭子和痰液中RNA含量的差异，我们采用最新研发的捕获测序［9-10］和宏转录组测序方法［10］，对意大利归国和国内的新冠肺炎确诊病例进行基因组突变分析。与宏转录组测序相比，捕获测序所需数据量仅为宏转录组测序的1/10或更少，且测序结果准确。对病毒基因组的突变分析为深入研究意大利归国患者SARS-CoV-2的致病力、传染性以及国内毒株的差异打下了基础。
