李雪红，李述刚，石钢鹏，罗小莹，康 峻，苏 静，汪 兰

（1.湖北省农业科学院，农产品加工与核农技术研究所，湖北省农业科技创新中心，农产品加工研究分中心，湖北武汉 430064；2.湖北工业大学生物工程与食品学院，湖北武汉 430064；3.湖北潜网生态小龙虾产业园集团有限公司，湖北潜江 433100）

小龙虾学名克氏原螯虾（Procambarus clarkii），是中国水产养殖中主要物种之一。近年来，小龙虾养殖面积和养殖产量持续增长。根据2020年小龙虾产业发展报告，2019年我国小龙虾养殖总产量达208.96万吨，与2018年相比，同比增长27.52%[1]。小龙虾-稻田循环系统是小龙虾主要养殖方式[2]，在此生态系统中，生产力、养分循环及水质离不开环境微生物的作用[3]。小龙虾养殖系统中细菌群落组成对小龙虾体内细菌微生物区系有很大影响，体内微生物区系在动物的营养、免疫及抗病等方面发挥重要作用[4]。池塘底泥中含有丰富的营养物质，在水生生物的生长过程中承担着营养物质的再循环作用，因此菌落结构复杂。秦伟等[5]发现在池塘底泥中变形菌门是克氏原螯虾的主要优势菌群，随着养殖时间的变化，底泥中菌群的丰富度及多样性逐渐降低，而长毛对虾的养殖水体中细菌优势种群为蓝细菌，芽孢杆菌在目分类水平上占有较高比例[6]。研究发现，小龙虾携带的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及副溶血性弧菌等致病菌与其生活的水体环境密切相关[7−8]。

基因组测序和高通量测序（High-through putsequencing,HST）技术在描述多样性环境中的微生物群落方面取得了突破性进展[9−10]。……