与儿童哮喘发病相关的关键miRNA、mRNA筛选
2021-09-01邓坤易蔚赖海艳龙娟任梦瑶李伟伟
邓坤,易蔚,赖海艳,龙娟,任梦瑶,李伟伟
1广西中医药大学研究生院,广西南宁530001;2广西中医药大学第一附属医院儿科
哮喘(BA)是儿童最常见的慢性呼吸道疾病[1],主要特征是气道慢性炎症、气道重塑及气道高反应性。文献[2]报道,14岁以下儿童哮喘患病率约3.3%,并且发病率呈明显上升趋势。哮喘病因、发病的分子机制尚未明确,加之哮喘的反复发作严重影响生活质量,对患儿家庭及社会造成巨大的精神及经济负担。miRNA小分子与哮喘气道重塑、支气管炎症及气道高反应性的发生密切相关,miRNA-182-5p的上调能抑制气道平滑肌细胞的增殖和迁移[3],miRNA-620下调能抑制气道平滑肌的增殖和凋亡[4],miR-223的过表达能够减轻气道炎症、NLRP3水平及IL-β的释放[5],miR-140-3P的上调表达可增加CD38蛋白质的表达,导致气道平滑肌收缩的增加[6]。越来越多的研究表明,miRNA在哮喘儿童的发生发展过程中起重要作用。本课题组利用生物信息学技术获取高通量基因表达数据库(GEO)哮喘儿童差异表达miRNA、mRNA,并进一步挖掘重要转录因子、关键生物学途径以及构建miRNA-mRNA调控网络,最终筛选与儿童哮喘发病相关的关键微小核糖核酸(miRNA)、信使核糖核酸(mRNA),为儿童哮喘发病机制和潜在治疗药物提供一定理论依据。
1 资料与方法
1.1 差异表达miRNA筛选、转录因子预测、靶基因预测 ①筛选:从GEO数据库检索Child asth‑ma、miRNA等关键词,限制研究类型为长链非编码RNA,物种为Homo sapiens,下载哮喘儿童芯片数据集GSE25230,其中包含14例支气管上皮组织样本,选取其中7例哮喘患儿的支气管上皮组织作为此次研究的哮喘样本组,7例正常支气管上皮组织作为对照组,同时利用GEO2R对数据集GSE64913进行差异表达分析,限制条件为P<0.05及logFC>0.5。……
