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全球海洋病毒数据库中新型噬病毒体的发现

2021-08-24徐声忠盛伊建王永杰

生物学杂志 2021年4期
关键词:数据库

周 亮,徐声忠,盛伊建,王永杰,2

(1. 上海海洋大学 食品学院,上海 201306; 2. 农业农村部 水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室(上海),上海 201306)

噬病毒体是一类小型双链DNA病毒,其基因组大小在13 kb到30 kb之间,编码16至34个基因。噬病毒体首次分离自巨病毒与真核宿主的共培养体系,随后证实了其在水环境中的广泛分布与普遍存在。该病毒不能在真核宿主细胞内独立增殖,必须依赖宿主的巨病毒病毒工厂进行增殖,从而造成宿主巨病毒的形态畸形和毒力下降。噬病毒体甚至可以将自身病毒粒子包装到巨病毒的核衣壳内,如同侵染巨病毒,因此将此类病毒统称为噬病毒体[1-2]。自2008年首个噬病毒体Sputnik[3]被分离出来后,这一类“不起眼”的小型病毒才引起了学者们的广泛关注。目前,通过共培养方法已分离出9株噬病毒体(Sputnik,Sputnik2,Sputnik3,Zamilon,Rio Negro Virophage,Mavirus,Guarani[4],Platanovirus saccamoebae virophage,Chrysochromulina parva Virus-Polintons-like virophages[5])。

近年来,宏基因组学分析方法已逐渐被应用于环境样品中噬病毒体的基因组挖掘工作中,并取得了丰硕的成果。如在美国黄石湖宏基因组数据库中发现了7株噬病毒体(YSLV1-7)的全基因组序列[6-7];在中国滴水湖和青海湖的宏基因组数据库中分别发现了8株(DSLV1-8)和1株(QLV)噬病毒体的全基因组序列[8-10];在南极有机湖宏基因组数据中获得1株噬病毒体(OLV)的全基因组序列。显然,海洋环境宏基因组数据库中的噬病毒体研究还鲜有报道[11-12]。

针对上述问题,本研究基于全球海洋病毒数据库[13],初步探究了全球海洋中噬病毒体的多样性特点,并通过数据挖掘获得了3条完整的新型噬病毒体全基因组序列,以期在一定程度上增进对全球海洋环境中噬病毒体多样性的认知,同时也为后续开展海洋中噬病毒体的研究奠定一定的理论基础。……

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