极低频电磁场辐射干扰后小鼠成纤维细胞转录组测序的生物信息学分析
2021-08-23朱茂林朱煌
朱茂林 朱煌
上海交通大学医学院附属新华医院眼科 200092
极低频电磁场(extremely low frequency electro-magnetic fields,ELF-EMFs)辐射是一种频率低于300 Hz的非电离辐射,各类电力传输系统、日常使用的各种电子设备均释放出不同能量的ELF-EMFs[1-3]。日常生活中人们使用电子产品的时间越长,眼与ELF-EMFs接触的时间和累积剂量也越大。在眼的生长发育过程中,眼部的成纤维细胞起着重要作用,巩膜重塑、眼眶构建、脉络膜的发育与成纤维细胞的生物学行为有关,电子产品的过度使用可能会对成纤维细胞造成影响,从而促进眼部疾病的发生[4]。目前,ELF-EMFs对成纤维细胞行为的影响尚未明确。mRNA是一种重要的基因表达载体,承接着转录到翻译的功能[5]。随着技术的创新和发展以及高通量测序技术的广泛应用,可以使用生物信息学方法对不同样本之间的生物学进程、分子功能和细胞组分进行分析[6]。本研究拟对成纤维细胞受ELF-EMFs干扰后基因的差异表达和一些关键信号通路及可能参与细胞辐射后应激的差异基因mRNA表达量的变化进行分析和总结,为相关眼病的发病机制研究提供思路。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1细胞来源 NIH/3T3细胞系(FH0380)购于上海富衡生物科技有限公司。
1.1.2主要试剂及仪器 DMEM高糖培养基(葡萄糖质量浓度为4 500 mg/L)、澳洲胎牛血清、质量分数0.25%胰蛋白酶-乙二胺四乙酸(ethylenediamine tetra acetic acid,EDTA)消化液、磷酸盐缓冲液(phosphate buffered saline,PBS)、青链霉素溶液、Trizol试剂、TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒(美国Thermo Fisher公司);RNA逆转录试剂盒、实时荧光定量PCR试剂盒(日本Takara公司)。Agilent2200生物分析仪(美国安捷伦公司);倒置相差显微镜(日本Nikon公司);……
