张美龄 徐亚东 江小华

骨性关节炎(osteoarthritis, OA)是一种累及全关节的致残性疾病，随着全球人口老龄化和肥胖增加等因素的影响，发生率还在逐年上升,给个人健康及社会经济造成很大负担[1]。OA主要病理特征包括关节软骨退化、滑膜炎及关节结构的改变[2]。目前OA的发病机制还不是完全清晰，关节置换是疾病终末期的有效治疗方法，然而预后依然较差,因此疾病预防和早期OA诊断更为重要。此外，滑膜的病理改变可能发生在软骨变化之前，滑膜组织在基因层面的变化，可能是疾病发生、发展的关键所在，随着高通量微阵列技术的发展为深化基因-疾病关系的研究带来了希望[3，4]。本研究通过对公共数据库GEO来源的OA滑膜组织微阵列数据分析，包括筛选差异表达基因、功能富集分析、ROC曲线验证，以期探索OA潜在诊断和治疗靶点，同时为疾病分子机制研究提供生物信息学依据。

材料与方法

1.数据来源：从国际公开数据库GEO (https:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载骨性关节炎相关数据集GSE55235、GSE55457、GSE55584，物种选择智人，3个微阵列数据集都基于GPL96平台[5，6]。GSE55235包含10个OA滑膜组织样本和10个正常滑膜组织样本，GSE55457包含10个OA滑膜组织样本和10个正常滑膜组织样本，GSE55584包含6个OA滑膜组织样本。

2.差异表达基因筛选：整合GSE55235、GSE55457、GSE55584微阵列数据集共26个OA滑膜组织样本，20个正常滑膜组织样本，并使用在线分析工具Network Analyst (https:∥www.networkanalyst.ca/)进行标准化处理，并进行主成分分析，再以P<0.05，|Log2(fold change, FC)|≥1为条件鉴定差异表达基因[7]。

3.差异表达基因的GO和KEGG通路分析：基因本体论(gene ontology, GO)术语包括生物过程(biological process, BP)、细胞组分(cellular components, CC)、分子功能(molecular function, MF)。使用R软件(3.6.3版本)Org.Hs.eg.db包(ID转……