CLCA1在结直肠癌中的表达及其基因集富集分析
2021-08-10罗世波吴江妮丘新泽梁志海刘诗权
罗世波, 吴江妮, 丘新泽, 梁志海, 刘诗权
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是常见的恶性肿瘤之一,CRC所致死亡约占肿瘤相关死亡的10%[1]。目前,我国的CRC发病率呈逐年增长的趋势[2]。尽管在诊断和治疗方面取得了进步,但在过去的20年中,CRC患者的存活率并未得到显著的改善,50%以上的患者在确诊时已发生区域性或远处转移[3]。钙激活的氯离子通道辅助蛋白1(calcium-activated chloride channel regulator 1,CLCA1)是钙激活的氯离子通道调节蛋白家族成员,其基因组序列由31 902个碱基对组成,具有15个外显子和14个内含子,位于1号染色体的短臂上(p22-31)[4],参与调节上皮细胞氯化物电流,并与黏液分泌过多相关呼吸道和胃肠道疾病的发生发展具有关联性[5]。CLCA1参与上皮细胞膜的氯离子传导,可影响上皮黏液产生、细胞信号转导、细胞黏附、细胞周期控制、凋亡以及肿瘤的发生和转移等[6]。有研究显示,人CLCA1主要在小肠和结肠黏膜中表达[4]。而针对CRC标本的研究表明,CLCA1表达水平与肿瘤分期呈负相关[7],但也有研究发现CLCA1高表达与CRC患者的不良预后有关[8]。由此可见,CLCA1在CRC中的作用机制尚未完全阐明。鉴此,本研究旨在探讨CLCA1在CRC中的表达情况及其与临床特征的关系,为CRC患者的诊断和预后预测提供理论依据。
1 材料与方法
1.1数据来源 通过肿瘤基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库(https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga)下载CRC样本CLCA1基因的表达数据及其匹配的临床信息。临床信息包括TNM分期、血管侵袭情况、肿瘤状态、生存资料等。排除临床信息不全的样本,最终共纳入370例CRC原发样本和51例癌旁组织样本进行分析。
1.2标本来源 选择2013年3月至2014年3月在广西医科大学第一附属医院接受手术治疗的CRC患者50例,均经影像及病理检查确诊。……
