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食管鳞癌发生发展相关miRNA的筛选及其靶向mRNA生物学功能分析

2021-06-10贾晨飞陈恩立宋惠玲司华蕊王娟

山东医药 2021年15期
关键词:差异

贾晨飞,陈恩立,宋惠玲,司华蕊,王娟

1河北省人民医院,石家庄050051;2石家庄市人民医院

食管癌属于原发于食管黏膜上皮的恶性肿瘤,是临床最常见的消化道恶性肿瘤之一,在我国的发病率和病死率均位居前列[1],由于其早期临床特征不明显,很多患者确诊时已是中晚期。即便进行标准的同步放化疗序贯手术切除后,仍有较高的复发和转移率,5年生存率不足30%[2]。目前食管癌发生发展的分子机制还不清楚。miRNA是一种小分子非编码RNA,作用于mRNA的降解或抑制从而影响基因表达[3],多项研究表明其可能参与了肿瘤的发生发展,是一种具有广阔前景的生物标记物,但与食管癌发生发展相关miRNA的研究少见,2020年10—12月,我们通过下载GEO数据库中食管鳞癌与正常组织的miRNA和mRNA表达谱芯片,构建miR‐NA-mRNA调控网络,寻找食管癌发生发展的相关分子标记物,为其分子机制的阐明提供实验依据。

1 材料与方法

1.1 食管鳞癌相关基因芯片来源GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)。共下载两张组织芯片(GSE75241、GSE114110)。GSE75241为mRNA表达数据,包括15个食管鳞癌样本和15个配对正常食管黏膜组织样本,检测平台为GPL5175。GSE114110为miRNA表达数据,包括30个食管鳞癌样本和10个正常组织样本,检测平台为GPL5175。

1.2 食管鳞癌组织芯片中差异表达miRNA及差异表达mRNA的筛选通过与正常食管黏膜组织标本相比较,利用R语言limma函数包筛选出食管鳞癌组织样本中差异表达的mRNAs和miRNAs。筛选阈值为P<0.05和|log2FC|>2(logFC>0表示上调差异表达基因,logFC<0表示下调差异表达基因)。

1.3 食管鳞癌组织样本miRNA-mRNA调控网络的构建利用FunRich3.1.3软件预……

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