加权基因共表达网络鉴定哮喘单个核细胞关键节点基因①
2021-05-26郭黎彦何志义广西医科大学第一附属医院南宁530021
中国免疫学杂志 2021年6期
关键词:分析
郭黎彦 马 南 何志义(广西医科大学第一附属医院,南宁530021)
支气管哮喘(简称哮喘)是一种高发病率的慢性疾病,其主要特征是慢性气道炎症、黏液高分泌和气道高反应性,同时具有异质性,危险因素、严重程度、治疗效果、遗传学和自然史各不相同[1-2]。哮喘病因复杂,诱发及参与哮喘发病的因素很多,其发病机制尚未十分清楚,可能与遗传、免疫、环境等有关[2-4]。单个核细胞与体内免疫反应及炎症反应密切相关,并在哮喘激素抵抗中发挥重要作用[5-6],因此对单个核细胞基因层面对哮喘的发病机制进行深入探索,可以为临床诊断、治疗和预防提供新的方向。
疾病的发生发展往往涉及多个基因之间相互作用,随着基因组学及生物信息学技术的进步,筛选与临床症状关系密切基因的技术愈加成熟,利用生物信息学技术可以在整个基因组层面对疾病的关键基因进行分析。加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是一种识别与表型性状相关的基因模块和关键节点基因的方法,其完全基于一个无标度网络来确定基因之间的关系,从而识别高度相关的基因模块(簇)[7-8]。本研究采用WGCNA算法分析从GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)数据库下载哮喘相关外周血单个核细胞的基因表达谱数据集,研究与哮喘临床症状相关的基因模块以及模块中的关键基因,整合分析这些基因的表达也许能为哮喘发病机制研究提供新的研究方向。
1 材料与方法
1.1 数据来源 从NCBI中的GEO数据库下载数据集GSE19301,该数据集收集了哮喘稳定期、加重期和加重期后两周哮喘患者的外周血单个核细胞。……
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