孙 裴，王震震,李 亮，李 杰，樊玉镇，殷宗俊，徐前明，王 勇，李 郁

(1安徽农业大学 动物科技学院，安徽 合肥 230036；2南京农业大学 动物医学院，江苏 南京 210095)

猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea，PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus，PEDV)所引起的猪的一种急性、高度传染性肠道疾病，临床症状以呕吐、水样腹泻和脱水死亡为特征，可造成5日龄及以下仔猪严重脱水，死亡率高达90%～100%[1-2]。PED自1978年在英国和比利时报道后，在匈牙利、德国、日本和韩国等多个欧亚国家相继发生[3-5]。我国于1984年首次报道了PED，但一直处于散发流行，PED并不严重[6]，2010年秋季，我国南方大规模暴发PED，并迅速蔓延至全国各省区，给养猪业造成了巨大的经济损失[7]。此后，PED在美国、欧洲、韩国和日本等地也造成了极大损失[8-11]。

PEDV属于冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus)，为单股正链RNA病毒，基因组全长约28 kb，包含5′非翻译区(5′-UTR)、3′非翻译区(3′-UTR)和7个开放阅读框(ORFs)，从5′到3′端依次是 ORF1ab基因、S基因、ORF3基因、E基因、M基因、N基因[12]。ORF3基因编码一种离子通道蛋白，与病毒毒力相关[13-14]。S基因在不同毒株之间极易发生突变，导致S蛋白氨基酸的插入、缺失及定点突变，而且强毒与弱毒之间的差异非常明显，因此常以S基因为参考来了解不同地区 PEDV 毒株的遗传变异和流行情况[15-17]。

2018年安徽省合肥市某规模化猪场猪群免疫了传统的猪流行性腹泻二联苗，但新生仔猪仍然发生了严重的腹泻，对腹泻病料进行鉴定，证明为PED感染。为揭示该PEDV毒株的遗传进化情况，以及与国内外其他PEDV毒株之间的关系，本研究进一步提取病毒总RNA，并对全基因组序列进行了克隆测序和分析，旨在明确安徽省境内PEDV目前的流行动态，丰富国内PEDV研究资料。……