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冠状动脉旁路移植术后心房颤动患者ceRNA机制的研究▲

2021-04-28贺阳晨郑宝石

微创医学 2021年1期
关键词:数据库机制研究

雷 登 贺阳晨 郑宝石 冯 旭

(广西医科大学第一附属医院,广西南宁市 530021)

冠状动脉旁路移植术(coronary artery bypass grafting,CABG)是一种广泛开展的外科手术,而患者出现术后心房颤动(postoperative atrial fibrillation,POAF)是CABG术后常见的并发症,其发生率为20%~50%[1]。POAF的发病受多种因素影响[1-2]。有研究[3]发现,POAF和原发性非手术性心房颤动(以下简称房颤)共享遗传标记,如4q25位点的变异。随访研究也发现,POAF患者长期房颤的发生率往往更高[4-5],提示POAF与原发性房颤密切相关。目前对POAF的诊断主要基于动态心电图,这具有明显的滞后性。POAF是许多不良结果的独立预测因子,与患者死亡率和经济负担加重显著相关[6-9],识别POAF的高危人群具有重要意义。环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种具有环状结构的非编码RNA,为癌症、精神障碍、免疫、心血管病等疾病的重要调控因子[10-12]。circRNA可作为竞争性内源性RNA,充当miRNA海绵发挥作用,以阻止miRNA与靶mRNA结合,上调靶基因表达水平[13]。本研究通过生物信息学方法对miRNA及其靶mRNA进行预测,构建circRNA-miRNA-hub基因网络,探讨 circRNA在POAF患者circRNA-miRNA-mRNA调控网络中的机制,为circRNA在POAF中的作用提供新的信息,并有助于探讨POAF的潜在发病机制。

1 材料和方法

1.1 材料 本研究中的circRNA芯片数据,我们从基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)中获取了数据集GSE97455,注释平台为GPL21825(074301 Arraystar Human CircRNA microarray V2)。使用GEO2R软件进行基因差异表达分析,得到GSE97455数据集中差异表达的circRNAs(differential expression of the circRNAs,DECs),调整后P值<0.05,|logfold-change (FC)|≥1。下载GSE97455的矩阵文件和平台文件,然后将相应的探针名转换为国际标准的circRNA名称。

1.2 方法 (1)circRNAs靶向miRNAs的预测:使用Circular RNA Interactome数据库[14]预测circRNAs的靶向miRNAs。(2)房颤相关的miRNAs:人类microRNA疾病数据库(Human microRNA Disease Database, HMDD)收集了经实验证实的与miRNAs相关的疾病,包含大约1 206个miRNA和893种疾病[15]。利用HMDD数据库搜索房颤相关的miRNA,然后利用Venny 2.1.0获得DECs的靶miRNAs与房颤相关的miRNAs的交集,交集中的miRNAs与POAF的相关性更大。……

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