1株C3样奇异变形杆菌烈性噬菌体的生物学特性及基因组分析
2021-04-27李淑雅朱伟云
李淑雅,黄 赞,朱伟云,林 焱
(国家动物消化道营养国际联合研究中心,江苏省消化道营养与动物健康重点实验室,南京农业大学消化道微生物研究室,南京 210095)
奇异变形杆菌是革兰阴性菌,属于肠杆菌科变形杆菌属,广泛分布于动物的肠道中,是一种条件致病菌。奇异变形杆菌具有鞭毛、菌毛、尿素酶、外膜蛋白等毒力因子,可以黏附到宿主黏膜表面对宿主产生损伤[1]。自1989年江益民等[2]首次从鸡中分离出奇异变形杆菌以来,我国陆续有鸡[3]、水貂[4]、山羊[5]、猪[6]等感染的报道。奇异变形杆菌会引起猪腹泻、体温升高、肠道和肺部病变,并且有一定致死性[7]。除此之外,奇异变形杆菌还是一种人畜共患病病原,会引起人的尿路感染[8]。由于会给畜牧生产和人类健康带来不利影响,造成经济损失,对奇异变形杆菌的防控不容忽视。
噬菌体(bacteriophage)是能够感染细菌的病毒,广泛分布于细菌存在之处,例如,土壤和动物的肠道中。依据遗传物质可将噬菌体分为双股DNA群(dsDNA)、单股DNA群(ssDNA)、双股RNA(dsRNA)、单股RNA群(ssRNA)。依据形态,双股DNA群下将噬菌体分为肌尾噬菌体(Myoviridae)、短尾噬菌体(Podoviridae)、长尾噬菌体(Siphoviridae)等[9]。在短尾噬菌体中,C3样的噬菌体较为少见,在此前的电镜观察中,5 500株噬菌体中只观察到了0.5%的C3样噬菌体[10]。C3样噬菌体中最具代表性的是大肠杆菌噬菌体phiEco32[11],并以此命名了phiEco32属。目前,根据国际病毒分类委员会主要物种列表2019.v1(ICTV Master Species List 2019.v1),以phiEco32为代表种的phiEco32属已被命名为Kuravirus属。Kuravirus属下还包括了大肠杆菌噬菌体172-1[12]、ECMP2[13]、NJ01[14]、Septima11(NC_023593)、SU10[15]等种。除此之外,沙门菌噬菌体7-11[16]、阪崎肠杆菌噬菌体vB_CsaP_GAP52(NC_019402.1)、副溶血性弧菌噬菌体Vp_R1[17]也被归为Kuravirus属,但未被收录到国际病毒分类委员会主要物种列表中。……
