张廷焕 龙熙 郭宗义 柴捷

（1. 重庆市畜牧科学院，重庆 402460；2. 农业部养猪科学重点实验室，重庆 402460）

microRNAs（miRNAs）是一种内源性的的非编码RNA，包含20-24 个核苷酸。目前miRNAs在各类组织或细胞中具有至关重要的生物学意义，miRNAs 主要是借助特异性位点（种子序列）与靶基因mRNA 3'UTR 区的靶位点相结合，发挥降解mRNA 或抑制翻译的作用［1］。其中，miR-378 通过靶基因调控着多种重要的生理学和病理学过程，包括肌生成［2］、成骨分化［3］以及癌症发生［4］等。例如，miR-378 特异性结合MyoR［2］、BMP2［5］、IGF1R［6］和caspase-3［7］等靶基因，参与了骨骼肌的发育；miR-378 可以靶向与p110α结合，调控肝脏胰岛素信号，继而起到调节葡萄糖和脂类稳态的作用［8］；miR-378 定向调控MED13 的表达进而实现线粒体代谢及其系统能量代谢的平衡［9］。miR-378 还能与GalNT-7相结合，控制肾联蛋白的表达量，从而调控成骨分化过程［10］。

目前已经有很多生物信息学软件和计算程序可用于预测miRNAs 的靶基因，但除了双荧光素报告基因实验能证明miRNAs 与靶基因的mRNAs 直接结合外，其他有效的实验手段非常有限。近年来，microRNA pulldown 技术的兴起，极大地加快了miRNAs 的研究进展。microRNA pulldown 技术主要是利用生物素标记的miRNAs 转染细胞，再利用链霉素与生物素的亲和性将结合了靶基因的miRNAs复合体分离出来，然后用RT-PCR 或RNA-seq 等手段方法高效地对靶基因mRNA 进行富集分析。在癌症抑制因子miR-31 调控肝癌细胞发生的机制研究中，miR-31 pulldown 实验成功发现了miR-31 与细胞周期蛋白的靶向关系，miR-31 能够调控细胞周期蛋白的降解从而抑制肝癌细胞的发生［11］。而在miR-1827 的研究中，microRNA pulldown 成功找到miR-1827 与MDM2基因的靶标关系，从而影响癌基因P53的表达进而调控癌症的发生［12］。……