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基于生物信息学分析ADD3在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的表达及临床意义

2021-04-26刘薇婉张帅帅任翠爱

转化医学杂志 2021年2期
关键词:数据库分析

石 林,刘薇婉,张帅帅,任翠爱

弥漫性大B细胞淋巴瘤(Diffuse Large B Cell Lymphoma,DLBCL)是最常见的淋巴瘤类型,约占成人非霍奇金淋巴瘤的30%~40%,在发展中国家所占比例更高。DLBCL在表观遗传学、治疗反应、预后等方面存在较大的异质性。一线R-CHOP治疗方案使60%患者能够长期生存,但仍有40%的患者存在治疗无效或短暂缓解后复发的现象[1]。因此,积极寻找新的可以提示DLBCL患者预后的独立生物标志物,具有重要的临床意义。

1 材料与方法

1.1 Oncomine数据库筛选目标基因 Oncomine数据库(https://www.oncomine.org/resource/login.html)搜索设置是①分析类型:Cancer vs Normal Analysis;②癌症类型:Diffuse Large B-Cell Lymphoma;③数据类型:mRNA。设定条件:under-expression,选择Diffuse Large B-Cell Lymphoma点击compare进行分析。P<0.05有统计学意义。

1.2 分析ADD3在不同肿瘤的表达情况 搜索设置是①基因输入:ADD3;②THRESHOLD(PVALUE):1E-4;THRESHOLD(FOLD CHANGE):2;THRESHOLD(GENE RANK):TOP 10%;③数据类型:mRNA。P<0.05有统计学意义。

1.3 分析ADD3在DLBCL样本中的表达 搜索设置是①基因:ADD3;②癌症类型:Diffuse Large B-Cell Lymphoma;③数据类型:mRNA/DNA。P<0.05有统计学意义。

1.4 GEO数据库下载数据集组进行生存分析 Oncomine数据库搜索设置是①分析类型:Cancer vs Normal Analysis;②癌症类型:Diffuse Large B-Cell Lymphoma;③临床数据:Survival Status;选择合适的数据集,在PUBMED上下载数据集组,进行生存分析。

1.5 基于GEPIA2在线分析网站验证ADD3基因与DLBCL异质性生物特征分子的相关性 登录GEPIA2网站(http://gepia2.cancer-pku.cn/#index),选择癌症类型DLBCL,对ADD3进行“Correlation Analysis”验证。

1.6 基于TCGA数据库分析验证ADD3在DLBCL不同亚组中表达情况 登陆癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)分析网站(UALCAN)(http://ualcan.path.uab.edu/analysis.html),①Gene Symbol:ADD3;②TCGA dataset:Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma。点击“explore”;③Links for analysis:Expression,对不同亚组进行分析。

2 结果

2.1 分析筛选出目的基因ADD3 筛选结果显示Oncomine数据库共计收录了40个有关DLBCL的数据合集,总计样本数据2 194个。其中符合DLBCL中“Cancer vs Normal Analysis”设置的数据集共7个,总计551个样本数据。筛选得到排名前200的低表达基因,除去已经被研究报道过的基因,得到目的基因ADD3,ADD3在荟萃分析中,位于显著低表达基因的104位,中位秩次492.0,P=0.02。

2.2ADD3在不同肿瘤中的差异表达情况 检索ADD3在不同肿瘤中的差异性表达,结果显示,Oncomine数据库共收录了有关ADD3的研究共692项,样本数量总计82 519个。……

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