高迁移率族盒转录因子1 与乳腺癌相关性的生物信息学分析
2021-04-23汪军梅张毅强黄燕栗学清裴晋红
汪军梅,张毅强,黄燕,栗学清,裴晋红
山西长治医学院生物化学与分子生物学教研室,山西长治046000
乳腺癌是女性最常见的癌症类型之一,每年有100 多万新诊断的乳腺癌病例和502 000 例与乳腺癌有关的死亡病例[1]。近年,我国乳腺癌年死亡率呈上升趋势,该疾病严重威胁了全球女性的身心健康[2]。因此,对乳腺癌发病分子机制进行深入研究,发现新的治疗靶点对治疗该疾病具有重要意义。
高迁移率族(high-mobility group,HMG)盒转录因子 1(HMG-box transcription factor 1,HBP1)是一个细胞调控基因,属于HMG 转录因子家族,具有该家族成员典型的DNA 结合域,即HMG 盒结合域[3]。HBP1 基因定位于人类7 号染色体长臂22 ~31 区,DNA 总长 33 510 bp,mRNA 总长 2 828 bp,含 11 个外显子[4]。研究发现,HBP1 参与抑制多种肿瘤细胞增殖、分化、侵袭等过程。LEE 等[5]研究表明,HBP1 与结肠癌的发生有关;DONG 等[6]研究发现,骨肉瘤细胞U2OS 过表达HBP1 后,细胞生长速度变慢,骨肉瘤细胞的增殖受到抑制。由此可见,HBP1 在肿瘤的发生发展中起着重要作用。
本研究采用生物信息方法分析预测乳腺癌中HBP1 基因突变情况,同时应用 Oncomine 及KM plotter 等网上在线工具分析乳腺癌中HBP1 基因表达量及其与乳腺癌预后生存期的关系,并筛选出乳腺癌中与HBP1 相关的基因,为乳腺癌的早期诊断和靶向治疗奠定基础。
1 资料与方法
1.1 资料 1 756 例乳腺癌患者的1 981 份样本资料源自MSK 数据库。
1.2 样本资料的分析 应用cBioportal 网站对1 756例乳腺癌患者的1 981 份样本的资料进行分析,主要包括病例肿瘤亚型、年龄、突变基因数目等基本信息。
1.3 HBP1基因在乳腺癌中突变的分析 应用cBioportal网站提供的在线分析工具分析1 756 例乳腺癌患者的1 981 份样本中HBP1 基因的突变情况。……
