陈瑶瑶,赵晓南，孙艳红，张美玲，周洁楠

基孔肯雅病毒(Chikungunya virus，CHIKV)是披膜病毒科甲病毒属的单股正链RNA病毒，主要通过白纹伊蚊和埃及伊蚊叮咬传播[1]。1952年，在坦桑尼亚首次检测到CHIKV[2]，随后在乌干达和许多其他撒哈拉以南非洲国家均发现了CHIKV，在过去的5年里，更是以惊人的速度扩散到亚洲、非洲、欧洲和美洲的100多个国家，成为日益严重的全球健康威胁[3]。1986年云南省从蝙蝠脑组织中分离出一株CHIKV毒株[4]，这是我国首次分离得到CHIKV毒株，2008年在广东出现了首例输入性基孔肯雅热病例[5]，随后在我国的其他地方不断出现输入性病例和本地疫情[6-8]。云南省位于中国西南边陲，与多个东南亚国家接壤，经济贸易往来及国际间旅行日益频繁, 存在极大输入性风险，再加上丰富多样的气候类型，适合伊蚊生存繁殖的自然地理环境[9]，云南省基孔肯雅热流行风险正在加剧。2019年6月，通过流行病学调查及实验室检测，云南省确诊1例基孔肯雅热输入性病例，本研究通过对CHIKV进行分离培养和全基因组测序，分析病毒遗传进化趋势及氨基酸位点变异情况，为云南省防控基孔肯雅热提供科学依据。

1 材料与方法

1.1标本来源 2019年6月27日采集得到1名缅甸仰光飞抵昆明长水机场的旅客血清，送至云南省疾病预防控制中心排查基孔肯雅热。

1.2核酸提取及real-time RT-PCR检测 采用江苏硕世全自动核酸提取仪和病毒核酸提取试剂盒(货号：SDK60104)进行核酸提取，病毒核酸检测使用基孔肯雅病毒检测试剂盒(江苏硕世，货号：JC40104)，具体反应体系和反应条件参照试剂盒说明书。……