生物信息学分析miR-221/26a、lncRNA GAS5和RECK mRNA在结直肠癌转移中的作用*
2021-04-13孟涛刘林王海江
孟涛,刘林,王海江
(新疆医科大学附属肿瘤医院 胃肠外科,新疆 乌鲁木齐 830011)
结直肠癌(colorectal cancer)是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率均位居恶性肿瘤的前列[1]。约有40%结直肠癌患者最终死于复发和转移[1-5],且其发生机制仍不明确。因此,研究结直肠癌转移的发生机制具有重要的意义。回复引导半胱氨酸丰富蛋白Kazal基元(reversion inducing cysteine rich protein with kazal motifs,RECK)是一个公认的肿瘤转移抑制因子,研究显示RECK与结直肠癌转移有密切的关系[2]。MicroRNA(miRNA)是一类长度在19~24个核苷酸的内源性非编码小分子单链 RNA,能通过与靶基因 miRNA 特异性的碱基互补配对,引起靶基因 miRNA 的降解或者抑制其翻译,负调控靶基因的表达,参与和影响细胞分化、组织发育、肿瘤诊断及预后[3];而长编码 RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度超过 200个核苷酸、不编码蛋白的RNA,在发育、分化及代谢等多方面发挥着重要作用[4]。miRNA和lncRNA都高度保守稳定,可竞争性结合并调控靶基因参与肿瘤的发生发展,因而可作为潜在标志物用于肿瘤的预测、诊断及预后的判断[5-8]。本研究通过生物信息学方法找出结直肠癌转移相关的miRNA及lncRNA,并选取结直肠癌变组织及其对应的癌旁观察其表达,分析它们的相互作用及对结直肠癌转移的影响。
1 材料与方法
1.1 试剂及仪器
Trizol 购自上海生工公司,miRcute miRNA cDNA 试剂盒(KR201)、miRcute增强型miRNA荧光定量检测试剂盒(SYBR Green,FP411)及lnRcute lncRNA荧光定量检测试剂盒(SYBR Green) (FP402) 购自北京天根生化科技有限公司,lncGAS5过表达质粒及含lncGAS5启动子的CRISPR-Cas9质粒购自吉凯基因公司,转染试剂Lipofectamine 3000购自Thermo Fisher,DMEM等细胞培养试剂购自Gibco公司;Anti-RECK抗体(ab238162)和山羊抗兔IgG H&L (HRP,ab205718)购自Abcam,所用引物U6、RECK及 miRNA 26a购自广州复能公司。……
