覃悦　祝友朋　韩长志　

摘要： 黄单胞菌（Xanthomonas campestris）作为诸多革兰氏阴性细菌之一，主要危害十字花科农作物和核桃、杧果等经济林植物。前人对植物病原细菌、真菌等的分泌蛋白和相关蛋白质开展了预测及分析研究，明确其分泌蛋白在致病过程中具有非常重要的作用。本研究以已经公布全基因组序列的黄单胞菌X.campestris B100、X. campestris pv.campestris str.8004、X. campestris CN14中的蛋白质序列为基础，结合细菌中分泌蛋白的基本特征，采用在线分析程序（包括SignalP v5.0、ProtComp v9.0等）对上述3个黄单胞菌的分泌蛋白序列进行预测和分析，明确上述细菌中分别含有135个、128个、135个分泌蛋白，并对分泌蛋白所具有的基本特征开展分析，为深入研究黄单胞菌分泌蛋白的功能打下理论基础。

关键词： 黄单胞菌;全基因组;信号肽;生物信息学

中图分类号： S435.1 文献标识码： A 文章编号： 1000-4440（2021）01-0053-07

Prediction and characteristic analysis of Xanthomonas campestris secretory protein based on whole genome sequence

QIN Yue1， ZHU You-peng1， HAN Chang-zhi1，2

（1.College of Biodiversity Conservation and Utilization， Southwest Forestry University， Kunming 650224，China;2.Key Laboratory of Forest Disaster Warning and Control of Yunnan Province， Kunming 650224， China）

Abstract： As a kind of many Gram-negative bacteria， Xanthomonas campestris mainly harms cruciferous crops and economic forest plants such as walnut and mango. Some academic predecessors discovered that secretory proteins played an important role in the pathogenic process by predicting and analyzing the secreted proteins and related proteins of plant pathogenic bacteria and fungi. This study was based on the protein sequences of X. campestris B100， X. campestris pv. campestris str.8004 and X. campestris CN14 whose whole genome sequences had been published， combined with the basic characteristics of secretory proteins， using online analysis programs （such as SignalP v5.0， ProtComp v9.0， etc.） to predict and analyze the above three protein sequences， it was found that the bacteria contained 135， 128 and 135 secretory proteins， respectively， and analysis on the basic characteristics of secretory proteins was carried out， thus made theoretical foundation for the in-depth study of the function of X. campestris secretory proteins.

Key words： Xanthomonas campestris;genome;signal peptide;bioinformatics

植物作為生物界的重要生产者，其在生长过程中始终面临着诸如真菌、细菌等微生物的侵害[1]。在危害茄科、十字花科以及胡桃科等多种重要经济作物的诸多病原细菌中，尤以黄单胞菌（Xanthomonas campestris）造成的危害较重，该病菌在分类上属于假单胞菌科（Pseudomonadaceae）黄单胞菌属（Xanthomonas）[2]。国内外学者对于该菌的研究主要集中于基因功能[3]、效应蛋白[4]、该菌与黄原胶的作用关系[5]以及分类[6]等方面。前人研究发现，细菌的致病机制主要是通过分泌系统将其分泌蛋白输入植物组织中，其效应分子蛋白质往往通过与植物防卫反应的相关分子发生作用，进一步促进其在植物中的定殖、扩展以及对植物产生危害。……