张 依 张玉峰 牛文辉 戚亚婷 赵永华 樊亚芳

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma，HCC)是原发性肝癌最常见的组织学亚型，每年全球约有84万例新增HCC患者，因HCC死亡人数高达78万[1]。并且HCC患者的5年生存率仍不尽如人意(约为12.1%)，发病机制尚不明确[2]。研究显示，中医药治疗肝癌时，能够降低肝癌复发和转移，提高患者生存质量，并能够减少肝癌细胞增殖和新生血管形成，促进其凋亡[3]。因此，研究HCC的分子机制和具有潜在治疗作用的中药或有效成分显得尤为重要。

近年来，生物信息学方法广泛应用于医学领域，是探索和预测疾病发病机制的重要手段。因此，本研究选取了HCC相关基因芯片进行生物信息学分析，筛选HCC相关DEGs，并挖掘DEGs的生物学功能和通路，探讨HCC潜在的分子机制。并筛选核心基因和具有潜在治疗作用的中药有效成分，旨在为诊断、治疗和机制研究提供基础。

材料与方法

1.材料:在GEO数据库(https:∥www.ncbi.nil.nih.gov/geo/)中根据以下条件进行筛选基因芯片：①样本组织为HCC和癌旁或正常肝组织；②数据类型为mRNA表达谱；③物种为智人(Homo sapiens)；④平台为GPL570[(HG-U133_Plus_2)Affymetrix人基因组U133加2.0阵列]。基于上述条件，选择并下载4组基因芯片：GSE45436(来源于93个HCC组织和41个癌旁肝组织)、GSE84402(来源于14个HCC组织和14个癌旁肝组织)、GSE62232(来源于81个HCC组织和10个正常肝组织)、GSE101685(来源于24个HCC组织和8个正常肝组织)。

2.筛选DEGs：使用R 3.5.1软件的Affy和Limma包对4组基因芯片进行分析，得到DEGs，其中Limma包的Benjamini-Hochberg算法对P值进行校正，得到校正后的P值[4]。若校正后的P<0.05、|log2(fold change，FC)|(|log2FC|)>1(FC为差异倍数)，则为DEGs。再分别利用“Volcano plot”和“Venn diagram”包构建火山图和韦恩图，选取同时在4组基因芯片中的上调或下调基因为DEGs。……