建兰花叶病毒广东分离物TGBp1 生物信息学分析及抗血清制备

2021-03-18宋若楠饶雪琴

河北农业大学学报 2021年1期

关键词：融合

宋若楠，饶雪琴

(广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室/华南农业大学植物保护学院，广东广州 510642)

兰花（Cymbidium spp.）是我国花卉产业的重要支柱，病毒病害在兰花生产中发生普遍，呈逐年加重趋势，使兰花生产受到极大影响。已报道侵染兰花的病毒有多种，建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus，CymMV）是危害兰花生产的最重要病毒之一［1］。CymMV 属于马铃薯X 病毒属（Potexvirus），基因组为正单链RNA［2］，5' 端有帽子结构，3'端有poly（A），包含5 个开放阅读框（open reading frame, ORF）［3］。ORF1 编码依赖RNA 的RNA 聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase, RdRp），ORF2-4 编码重叠的三基因连锁蛋白（triple gene block protein, TGBp）TGBp1/TGBp2/TGBp3，即运动蛋白（movement protein, MP）［4］，ORF5 编码衣壳蛋白（coat protein，CP）［5］。

目前，国内对CymMV 的研究集中在该病毒基因序列［6］和检测技术，如血清学、生物学、电镜观察等［7-8］，有关对CymMV 病毒蛋白和运动蛋白TGBp1 基因研究报道不多。本研究以前期构建的CymMV 广东优势病毒的全基因序列侵染性克隆为材料，构建CymMV TGBp1 原核表达载体，并制备其抗体，为进一步研究CymMV TGBp1 的功能奠定基础。

1 材料与方法

1.1 试验材料

CymMV 侵染性克隆本研究室保存；新西兰大白兔购自广东省医学实验动物中心；pET-28a（+）载体为本实验室保存；大肠杆菌DH5α 菌株和Rossetta（DE3）菌株均购自上海唯地生物有限公司。

1.2 引物设计

根据已知的TGBp1 序列设计扩增全长的引物，在上下游引物引入BamH Ⅰ/Sac Ⅰ酶切位点，引物合成由北京奥科生物公司完成。引物序列为：TGBp1-F：5'-GGGATCCATGGAGCTGGCGTACT TAG-3'；TGBp1-R：5'-GGAGCTCTCAGGTGG-3'。

1.3 TGBp1 的生物信息学特性分析

利用InterPro（http://www.ebi.ac.uk/interpro/）进行蛋白质结构域预测分析；通过WoLF PSORT（https://wolfpsort.hgc.jp/）和TargetP 1.1 Server（http://www.cbs.dtu.dk/services/ TargetP1.1/index.php）进行亚细胞定位预测分析；应用TMHMM Server v2. 0（http://www.cbs. dtu.dk/services/TMHMM/）对蛋白质跨膜结构域进行预测分析；通过在线工具SOMPA（https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html）进行蛋白质的二级结构预测。