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基于数据库挖掘:TRIM44蛋白在结直肠癌中的表达差异分析

2021-03-17王鹏宇胡圣晨陈浙南

中南医学科学杂志 2021年1期
关键词:数据库差异分析

王鹏宇, 胡圣晨, 陈浙南, 王 彦, 姜 莹

(1.牡丹江医学院,黑龙江省牡丹江市157000;2.南华大学附属第一医院,湖南省衡阳市421000)

结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是最常见的恶性肿瘤之一[1]。目前治疗方式仍以手术及放化疗为主,靶向治疗逐渐进入临床并取得一定疗效,但易出现耐药现象,晚期CRC患者预后仍未得到明显改善。因此寻找新的诊断及治疗靶点尤为重要。对CRC相关基因的研究有利于对关键基因进行鉴定或找到新的靶点,以提高CRC的筛查效率、改善晚期CRC患者的预后。

TRIM(tripatite motif)蛋白家族是参与泛素化过程的E3连接酶,介导泛素从E2结合酶到特定靶点上的转移[2]。TRIM44蛋白作为家族成员与细胞增殖、DNA修复、信号转导以及转录等各种生理学过程密切相关[3]。最初研究发现TRIM44可能在神经元细胞的分化和成熟过程中起作用,调节TRIM17的活动,是PAX6表达的负调控因子[4]。目前研究指出TRIM44蛋白在多种肿瘤的发病过程中起着重要作用,可通过Wnt/β-catenin[5]、Akt/p21/p27[6]、mTOR[7-10]、NF-κB[11-12]等信号通路在甲状腺癌、神经胶质细胞癌、肺癌、肝癌等多种癌症中发挥作用,使得TRIM44在肿瘤中的研究逐渐得到重视。

本研究对多个数据库进行挖掘,旨在阐明TRIM44在CRC中的表达及意义,为进一步实验研究奠定理论基础。

1 材料和方法

1.1 数据下载

结直肠癌的原始数据从TCGA(https://portal.gdc.cancer.gov/)数据库下载,检索条件如下:文件数据类型:转录组分析;数据类型:基因表达定量;工作流程类型:HTSeq-FPKM;样本主要位点:Colon;方案:TCGA-COAD TCGA-READ(TCGA Project)。

免疫浸润的原始数据来源于GEO数据库大肠癌基因表达谱研究(GSE113513)中的基于Affymetrix人类基因表达阵列平台(GPL15207)的28个组织芯片。……

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