慢性肾脏病大鼠基于RNA-seq的肠道转录组学分析
2021-03-16蒋红利魏丽敏高凡凡
渠 宁 蒋红利 李 洁 魏丽敏 高凡凡 陈 蕾
慢性肾脏病(CKD)已经成为一个重要的全球公共卫生问题[1], CKD患者易出现恶心、呕吐、腹泻、便秘[2]等消化道症状,普遍存在肠道菌群失调和肠道屏障功能受损[3-8],导致肠道菌群移位[9]、微炎症状态[10]和肠源性毒素蓄积[11-12],增加心血管疾病[13-14]、营养不良[15]等并发症的发病率,目前研究多聚焦于肠道菌群和肠道屏障,但是着眼于CKD患者肠道广泛基因表达谱的研究尚不多见。RNA-seq是指利用高通量测序对RNA逆转录及PCR扩增得到的cDNA进行分析的技术[16],本研究通过RNA-seq技术,分析CKD大鼠与假手术组大鼠肠道基因表达谱的差异,探索与差异表达基因相关的生物过程与信号通路,加深对CKD肠道变化的了解,为CKD及其并发症的治疗提供新的思路。
材料与方法
研究对象成年健康雄性Sprague-Dawley大鼠(SPF级)20只,体质量180~220g,购买于西安交通大学实验动物中心[SCXK(陕)2018-001],饲养于西安交通大学实验动物中心[SYXK(陕)2020-001],温度25℃±2℃,12h明暗循环,自由饮食和饮水。所有动物实验均遵照国家实验动物饲养与使用指南。本项目经西安交通大学医学院实验动物伦理委员会批准(项目号:XJTULAC2019-1274)。
动物模型的建立及分组20只大鼠随机分为假手术(Sham)组和CKD组,各10只。采用5/6肾切除术建立大鼠慢性肾脏疾病模型。CKD组大鼠麻醉后切除左肾约2/3,一周后行二期手术,切除右肾。Sham组大鼠同时进行两次手术仅切开肾包膜。二期手术后正常饲养28周,CKD组8只大鼠存活,Sham组7只大鼠存活。禁食12h后麻醉,腹主动脉取血,3 000 r/min离心20 min,收集血清后送金域医学检验肌酐、尿素氮及血红蛋白;……
