联合CGGA-TCGA数据库挖掘胶质瘤显著生存相关基因
2021-02-25吕俊杰张一骅刘佳欣吕正禹任付宾陈丽娜
生物学杂志 2021年1期
吕俊杰,张一骅,邓 贵,刘佳欣,吕正禹,任付宾,陈丽娜
(1.哈尔滨医科大学 生物信息科学与技术学院,哈尔滨 150081;2.哈尔滨医科大学附属第四医院,哈尔滨 150081)
根据世界卫生组织对神经系统肿瘤的分类,脑胶质瘤被分为9类[1]:星形细胞性肿瘤、少突胶质性肿瘤、室管膜肿瘤、混合性胶质瘤、脉络丛肿瘤、来源未定的神经上皮肿瘤、神经元及神经元与胶质细胞混合性肿瘤、松果体瘤和胚胎性肿瘤。其中星形细胞性肿瘤中的胶质母细胞瘤(GBM)恶性程度最高,GBM的5年生存率非常低。许多工作都揭示出一些基因的异常表达影响胶质瘤[2-7],也有研究从大样本中识别到胶质瘤的预后基因[8-12]。然而胶质瘤作为恶性肿瘤,复杂程度高,通常预后效果不好。值得注意的是,目前虽然对胶质瘤的诊断水平还很低,但是病人的生存时间个体差异很大[13-15]。所以尝试从病人的生存时间差异来进行生存分析,从而挖掘胶质瘤生存相关基因及其可能的调控机制。此外,预后基因是否可以用于不同人群,这个工作开展得较少,因此有必要对预后基因进行不同人群验证。
TCGA癌症基因组图谱为癌症研究提供了丰富的资源,但是大部分样本来源于国外,所得结果在中国推广具有一定的差异。CGGA是由北京市神经外科研究所、首都医科大学附属北京天坛医院江涛教授团队建立的中国脑胶质瘤基因组图谱数据库,因此,通过CGGA联合TCGA数据库来挖掘胶质瘤生存相关基因,并分析其表达调控机制,对胶质瘤尤其是中国人群胶质瘤患者的预后分析具有重要的研究价值。……
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