何 森 曹新芳 郑雪莉 王 豆 王洪永 蒋本模 卜书海*

(1.西北农林科技大学生命科学学院，杨凌712100；2.西北农林科技大学林学院，杨凌712100；3.凤县逢春济民可信科技养殖有限公司，凤县721000)

林麝(Moschusberezovskii)属于麝科(Moschidae)麝属(Moschus)，目前已被列为我国一级保护动物，其所产麝香是一种药用价值极高的动物产品。林麝在野生状态下属于泛食、嫩食动物，即使在食物匮乏期仍会回避高纤维植物[1]。对野生林麝消化道微生物进行研究有助于我们了解自然状态下林麝消化道微生物组成，对野生林麝保护及圈养林麝饲养具有借鉴和参考价值。

近年来对圈养反刍动物瘤胃微生物的研究，摸清了牛、羊等动物瘤胃中微生物群落组成，发现其对食物发酵与初步消化具有重要意义，消化道微生物活动会影响动物产品质量[2-3]。林麝属于反刍动物，这使它们容易受到消化道微生物群落活动的影响[4]。在圈养条件下，由环境问题和饲喂不当引起的菌群失衡已经成为影响麝健康的重要因素[5]。目前因采样受限，对林麝消化道微生物的研究进展缓慢[6]，仅有的林麝粪便研究表明，环境、食物、健康状态等因素都会影响林麝消化道微生物组成，其中与营养分解相关的核心菌群(拟杆菌门和厚壁菌门细菌)丰度变化不大，而非核心菌群的种类和丰度变化明显[6-8]，这些微生物在免疫反应和营养消化方面发挥着重要作用[9]。

目前林麝消化道微生物研究样本以粪便为主，常用的方法是16S rRNA高通量测序，这种方法的缺点是测序深度有限，而宏基因组测序不仅能获得全面的微生物类群信息，还能提供基因功能层面的预测，近年来被广泛用于微生物群落研究[10]。……