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ST3GAL5在膀胱尿路上皮癌中表达水平、预后分析及作用机制的研究

2021-01-20欧阳松刘继红倪钊李强丁国富王勤章

现代泌尿生殖肿瘤杂志 2020年4期
关键词:数据库信号分析

欧阳松 刘继红 倪钊 李强 丁国富 王勤章

在世界范围内,膀胱癌的发病率居所有恶性肿瘤的第十二位[1]。膀胱癌中最常见的类型为膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma, BLCA)[2],BLCA按组织学分级分为高级别BLCA和低级别BLCA,其中低级别BLCA极少侵犯膀胱肌层或其他部位,并且死亡率极低,绝大多数死亡病例为高级别膀胱癌。而按是否侵犯肌层又分为非肌层浸润性膀胱癌(non-muscle invasive bladder, NMIBC)和肌层浸润性膀胱癌(muscle invasive bladder, MIBC),约75%的新发膀胱癌为NMIBC,较肌层浸润病变而言,NMIBC患者生存期较长且肿瘤特异性死亡风险较低[3]。因此膀胱癌的早期诊断和治疗可改善患者的总体生存状况,寻找一种新的生物标志物和潜在的治疗靶点对提高膀胱癌患者的临床治疗水平具有重要意义。

ST3GAL5是一种可编码神经节苷脂GM3蛋白的编码基因[4]。神经节苷脂GM3参与诱导细胞分化、调节细胞增殖、维持成纤维细胞形态、信号转导和整合素介导的细胞黏附[5]。同时,越来越多的证据表明GM3对肿瘤的发生、发展具有强大的作用[6]。然而,ST3GAL5在膀胱癌中的表达谱和作用功能尚不清楚。因此,本文基于公共生物信息学数据库,初步探讨ST3GAL5在BLCA中的表达水平、预后特征及作用机制。

对象与方法

一、数据获取与处理

所有研究数据通过TCGA、GEO、Oncomine、TIMER、GENT、UCSC-Xena、GEPIA2和Kaplan-Meier plotter等公开数据库获得并处理。其中TCGA数据通过UCSC Xena网站(xenabrowser.net/)下载获得,GEO原始矩阵数据通过R语言安装包“GEOquery”下载并处理,Oncomine表达数据通过网站(www.oncomine.org/)审查元素的

二、ST3GAL5在膀胱癌中的表达

通过Oncomine、GENT2(gent2.appex.kr/gent2)和TIMER2.0(timer.cistrome.org/)数据库挖掘ST3GAL5在不同类型癌症与对应正常组织中的表达水平,然后通过Oncomine、GEO和TCGA数据库分别探讨ST3GAL5在膀胱癌与正常膀胱、MIBC与NMIBC、高级别膀胱癌与低级别膀胱癌中的表达水平。……

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