肺结核相关miRNA的生物信息学分析
2021-01-10黄继康刘斌
黄继康,刘斌
(暨南大学附属顺德医院 感染科,广东 佛山 528000)
0 引言
肺结核是一种具有高度传染性的疾病,其病原菌为结核分枝杆菌。据WHO报道,2018年全球范围内约有1000万结核新增病例,超过120万人死于结核及其并发症[1]。早期诊断率低和传染性强是肺结核高死亡率的首要原因[2],因此肺结核的生物标志物和分子机制尚需开展进一步研究。miRNA是一类单链非编码RNA,长度约等于22个核苷酸,分子量较小。它能结合靶基因mRNA的3'非翻译区,其调节蛋白的表达水平的作用机制主要为降解mRNA或者抑制mRNA的翻译[3]。此外,miRNA在细胞生长发育的诸多过程,如凋亡、代谢、免疫中均发挥着不可或缺的作用[4]。近年来,不同的循环miRNA参与并调控肺结核的发生和发展过程这一观点已被多项研究证实,其中有望成为诊断肺结核的生物标志物的是has-miR-29a、has-miR-144和hsa-miR-768-3p等[5-7]。
本研究利用GEO公共数据库中肺结核患者外周血中miRNA表达谱芯片数据GSE34608[8],比较肺结核患者血液与健康者血液的miRNA并筛选出差异表达miRNA(differentially expressed miRNAs,DE-miRNAs),对其靶基因进行预测,并富集分析靶基因功能,利用Cytoscape软件构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选Hub基因,并构建miRNA-Hub gene 网络,为肺结核筛选分子标志物及进一步研究其发病的分子机制提供理论依据。
1 材料和方法
1.1 研究工具及对象
通过对GEO数据库中肺结核miRNA表达谱数据进行筛选,选取GSE34608 miRNA表达谱芯片数据为研究对象。该芯片数据集包括8例肺结核患者外周血样本和8例正常人外周血样本。
1.2 差异miRNA分析
应用R软件中的“Limma”包对GSE34608数据集进行分析,对……
