《广州中医药大学学报》在2019年版《中国期刊引证报告》中基金论文比为0.64；核心影响因子为0.850；核心综合评价总分为56.60，在“中医药类高校学报”中列第4位。在2019年版《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术）》中基金论文比为0.78；复合影响因子为1.433，在“中医学和中药学类”123种刊源中列第17位。