答 嵘，王 伟

(西安交通大学第一附属医院:1.检验科；2.神经外科,陕西西安 710061)

柯萨奇病毒B5(CVB5)是小核糖核酸病毒科中肠病毒属的成员，并且已鉴定出4种不同的血清型(A～D)[1]。 CVB5 与心肌炎和脑炎具有密切关系[2-5]，因此了解CVB5进化的机制将改善相关疾病的控制。CVB5是单正链RNA病毒，基因组长7.3 kb，包含5′UTR和3′UTR，P1、P2和P3，衣壳蛋白VP1～4由P1区域编码。最初在脊髓灰质炎病毒中发现了重组，并且已经提出并通过体外研究证明了复制(模板转换)和非复制(链断裂和重新连接)机制[6-7]。对已经测序的肠道病毒完整基因组序列的分析表明，重组在非脊髓灰质炎肠道病毒的进化中亦具有重要意义[8-10]。 对CVB5的研究表明，重组可能发生在2C结构域内[11]，这与肠道病毒重组热点首选在非编码基因组区域一致。然而，最近的一项研究表明，在埃可病毒30的VP4区域中存在重组基因位点，这是第一次在肠道病毒的蛋白质编码区中发现重组事件[12]，为了阐明CVB5中是否存在这种现象，本研究通过分析GenBank数据库中已测序的CBV5基因组序列以研究在蛋白编码基因组区域例如VP4中是否存在类似的重组事件。

1 资料与方法

1.1一般资料 本研究使用的多个已报道的CVB5病毒分离株的5′UTR和VP1核苷酸序列在GenBank中以FASTA格式检索。 每个病毒分离株都标记了登录号、位置和分离年份。 这些序列用于通过最大似然法确定5′UTR和VP1区域的系统发育和通过序列相似性作图(Similarity plot)分析重组事件。

1.2方法

1.2.15′UTR与VP1进化分析 共检索到53个CVB5同时含有5′UTR和VP1核苷酸序列，HE998771序列因为在其5′UTR区域中仅有198 nt用于比对，故未纳入本研究分析。……