基于多重置换扩增技术的胃癌患者胃内微生物的宏基因组学研究
2019-06-21胡远亮程乃嘉张朝军
转化医学杂志 2019年3期
胡远亮,程乃嘉,张朝军,黄 云,张 炎
中国是世界上胃癌患者最多的国家。据估计,2015年中国新发胃癌679 100例,有498 000人死于胃癌[1]。众所周知,幽门螺旋杆菌(HelicobacterPylori,HP)慢性感染是胃癌发生的主要危险因素[2-3],然而感染者中,只有不到1%的人最终发展成胃癌,提示胃癌的发生、发展还与其他因素相关。DNA测序技术和生物信息学方法的发展使我们能够不依赖传统的培养手段而对人体微生物进行研究,使得大量有关人体微生物组的研究涌现[4-5]。其中,有不少研究关注人体消化道微生物在胃部疾病中的作用。多项基于16S rRNA基因测序的研究已证实胃内菌群构成复杂,除HP外还有其他多种微生物存在,并且胃内菌群失调与胃癌密切相关[6-9]。然而,对细菌16S rRNA基因的分析很难精确到种的水平,而基于全基因组测序的宏基因组学方法可以在种甚至菌株水平上分析特定微生态系统中的菌群特征,从而能够更加全面和深入地研究人体微生物和疾病的关系[4]。本研究通过多重置换扩增技术(multiple displacement amplification,MDA)与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征,从全基因组的角度探索胃菌群和胃癌的关系。
1 材料与方法
1.1 受试者筛选和标本采集 胃癌组(GA)纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊并经病理学证实的胃腺癌患者,纳入者6个月内未接受抗生素治疗[10-12],4周内未使用质子泵抑制剂或其他制酸剂,未接受术前放化疗或内镜治疗;同期纳入无消化系统症状,且胃镜检查正常的来医院查体人员作为健康对照组(HC),入组标准同胃癌组。……
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