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库蠓(CulicoidesLatreille)俗称“墨蚊”、“小咬”，隶属于昆虫纲(insecta)、双翅目(diptera)、蠓科(ceratopogonidae)，全世界现有1 368种、中国已知348种[1-2]，是引起野生和家养反刍动物流行病的重要媒介昆虫，其通过刺吸动物血液来传播蓝舌病(BT)、家畜流行病出血热(EHD)、非洲马瘟病(AHS)等诸多动物传染病[3]。上述疾病的病原通过媒介库蠓和易感宿主之间的一系列复制循环而持续存活于自然界中[4]，因而其易于引发医疗卫生和兽医等领域的家畜流行病，从而造成牛、羊等养殖业的巨大经济损失，欧洲曾发生过蓝舌病大流行[5-6]，国内云南、广西、新疆和内蒙古等29个省也曾先后在牛羊血液中检测出蓝舌病病毒(BTV)[7]。目前，BT和AHS已被世界动物卫生组织(OIE)列为A类传染病[8]，中国也将BT列为一类动物疫病[9]。

库蠓体型微小、鉴别特征稀少，传统分类鉴定尚存在诸多问题。首先是非成虫阶段的虫态和虫体残缺的成虫均难以鉴定，其次受库蠓性别限制，雄虫借助外生殖器等形态特征易于鉴别，而雌虫缺乏良好的尾器特征而不易鉴别，最后库蠓表型可塑性和遗传可变性等也容易导致误判[10-12]。因此，库蠓分类中亟需快速、准确鉴定种类的技术方法，对蠓传疾病的监控、防治具有重要意义。

随着分子生物学和生物信息学的快速发展，分子生物学技术已应用于昆虫分类鉴定和系统演化等领域，这在很大程度上弥补了传统形态分类的不足，尤其是近似种或隐种的分类[13-15]。在昆虫核基因中，串联重复是核糖体DNA(rDNA)的存在形式，同时其一个转录单元包括18S、5.8S、28S三个部分，而ITS1和ITS2两个可变区则分别位于18S和5.8S以及5.8S 和28S之间[16]。……