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鼠疫是由鼠疫耶尔森氏菌(简称鼠疫菌)引发的一种自然疫源性疾病。鼠疫作为一种发病急、传播快、病死率高、传染性强的烈性传染病，在人类历史上曾发生过3次世界性大流行：第一次大流行始于公元541-544年的古罗马帝国，一直持续到公元767年，史称查士丁尼瘟疫[1]。该流行起源于亚洲中部，经地中海沿岸蔓延到北非、欧洲大陆乃至不列颠群岛，累计造成一亿人死亡[2]。暴发于公元1347年的第2次鼠疫大流行(史称黑死病)同样起源于亚洲，经古代丝绸之路抵达欧洲的地中海港口，波及亚洲、欧洲大部及非洲北部，并伴随着周期性暴发持续到18世纪[3]。第3次鼠疫大流行起始于19世纪50年代的中国云南，随后于1894年经香港传播到全球[1, 4-5]。微生物学家Alexandre Yersin于1894年在香港患者体内分离得到鼠疫菌，进而确认了鼠疫菌是引发现代鼠疫大流行的罪魁祸首[6]。而由于前两次鼠疫大流行在临床症状、传播速率及死亡率等方面与第3次存在一些差异，关于其病原体是否为鼠疫菌的问题曾一度处于争论之中[7]；近来，随着考古微生物学(Paleomicrobiology)的发展，这一争论已基本得到解决。

考古微生物学最早可追溯到19世纪20年代，旨在通过研究古人体或古环境样本中的病原体信息来建立古代传染病的诊断体系，并结合相关历史记录，以更好地阐释古代病原体的进化、毒力状态、疫源地、传播媒介、传播路线等问题[8]。支撑该领域的原理是，尸骸内特定组织能够保存导致个体死亡的病原体的DNA或蛋白质等生物大分子[9]。……