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手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)是一种儿童常见的自限性传染病，多发于1～5岁的儿童，其临床症状为婴幼儿发热和手、足、口腔和臀等处的皮疹或疱疹[1-2]。引起HFMD的病原体有多种，其中以肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)和柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16,CA16)最为常见[3]。EV71属于小RNA病毒科、肠道病毒属A组的成员，为单股正链RNA病毒。基因组全长约7 400 bp，位于基因组两端的5′和3′非编码区(untranslated regions,UTRs)在病毒的复制和蛋白的翻译中发挥着重要作用[4]。病毒基因组仅含有一个开放阅读框(open reading frame,ORF)，编码一个由2 193个氨基酸组成的多聚蛋白，分为结构前体蛋白P1和非结构前体蛋白P2、P3。P1蛋白可进一步加工为结构蛋白VP1～VP4，其中VP1区是病毒基因分型的主要依据。一般情况下，儿童感染EV71与感染CA16病毒后的临床症状不易区分[5]，但相对而言，EV71感染所引起的HFMD可能伴有神经性肺水肿和急性弛缓性麻痹、无菌性脑膜炎等神经系统并发症，严重地危害了婴幼儿的健康[1, 6]。

近年来EV71在国内的流行呈显著上升趋势，其中以C4基因型为主[7]。在江苏省境内每年都能检测出EV71病毒的疫情，比对这些毒株的序列后发现，流行的毒株主要属于C4a亚型[8]。因此加强对中国大陆各地区EV71流行毒株的基因特征分析，对于有效地预防和控制手足口病的流行具有重要的意义。本文通过从患者粪便样品中分离出的2株EV71病毒，对其进行全基因组序列比对、基因分型和种系进化关系分析等研究，以期为EV71的变异研究提供依据。

1 材料与方法

1.1 材料

1.1.1标本来源 EV71感染粪便标本收集自南京市儿童医院2017年5-7月经临床诊断为EV71感染手足口病的入院治疗患儿。……