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基于Topomer CoMFA方法的喹诺酮羧酸类衍生物的QSAR研究及分子设计

2018-06-07仝建波秦尚尚

分析测试学报 2018年5期
关键词:模型设计

仝建波,雷 珊,秦尚尚,王 洋

(1.陕西科技大学 化学与化工学院,陕西 西安 710021;2.陕西科技大学 教育部轻化工助剂化学与技术重点实验室,陕西 西安 710021)

喹诺酮类抗菌药是人工合成的含喹诺酮基本结构的抗菌药,亦称为吡酮酸类或吡啶酮酸类抗菌药。此类抗菌剂作用于DNA专一位点上,当回转酶转移到药物结合位点时,形成一个三级复合物,阻碍回转酶的移动,从而产生较强的杀菌作用。近年的研究表明,喹诺酮结构的化合物具有良好的抗HIV活性[1],而且通过对母核上不同位置的取代转换可以得到许多高活性的先导化合物,这些化合物还具有抗病毒、抗肿瘤、降血压等作用[2-5]。因此,以喹诺酮为核心结构单元的衍生物一直是药物学家关注的重点。

图1 48个化合物的结构示意图Fig.1 Structure diagrams of 48 compounds

三维定量构效关系(3D-QSAR)使用数学模型来研究分子结构和分子生物活性之间的定量关系,是药物研究中的常用手段[6],这种方法间接地反映了药物分子与大分子相互作用过程中两者之间的非键相互作用特征[7],与传统的二维定量构效关系(2D-QSAR)相比具有更明确的物理意义和更丰富的信息量。应用最广泛的三维定量构效关系方法是CoMFA (Comparative molecular field analysis )和CoMSIA(Comparative molecular similarity index analysis ),即比较分子场方法和比较分子相似性方法[8-9]。本文使用Topomer CoMFA[10],即第二代CoMFA对喹诺酮类化合物进行QSAR研究,克服了人工叠合小分子的过程,采用自动叠合规则的易位体技术,其模型创建快速简便,且建模结果可信,并基于Topomer search技术设计了具有高活性的12个喹诺酮类化合物,为新药合成提供了理论参考。……

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