人肝细胞癌细胞DNA甲基化谱的检测及分析
2017-12-19孙宁张佳林张城硕周翔宇陈保民
孙宁,张佳林,张城硕,周翔宇,陈保民
(中国医科大学附属第一医院肝胆外科暨器官移植科,沈阳 110001)
人肝细胞癌细胞DNA甲基化谱的检测及分析
孙宁,张佳林,张城硕,周翔宇,陈保民
(中国医科大学附属第一医院肝胆外科暨器官移植科,沈阳 110001)
目的检测人肝细胞癌细胞的DNA甲基化谱,明确肝细胞癌细胞中差异甲基化位点和基因的表达分布情况,进一步探讨DNA异常甲基化与肝细胞癌发生发展的关系。方法使用DNA甲基化芯片(Infinium Human Methylation 450K BeadChip)检测人肝细胞癌细胞Huh7和人永生化肝细胞L02的甲基化谱,并对检测结果进行生物学分析。结果共检测到差异性甲基化位点102 254个,差异性甲基化基因26 511个,甲基化相关信号通路43个,其中57.3%的高甲基化CpG位点和39.4%的低甲基化CpG位点的甲基化差异程度≥50%,筛选后确定了3 222个显著高甲基化基因和2 204个显著低甲基化基因。结论在Huh7和L02细胞中存在大量差异性甲基化CpG位点及基因,Huh7细胞中可检测到大量抑癌基因DNA的异常高甲基化,提示DNA异常甲基化与肝细胞癌的发生发展密切相关。
肝细胞癌; 甲基化谱; 生物信息学分析
原发性肝癌(primary liver cancer,PLC)是我国常见的消化系统恶性肿瘤,2015年我国PLC新发病例约为46.6万人,发病率位列全部恶性肿瘤第4位,全年死亡病例约为42.2万,致死率位列全部恶性肿瘤第3位[1]。肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是PLC最常见的类型,导致HCC发生发展的因素有很多,如慢性病毒性肝炎、酒精性肝硬化、黄曲霉素的摄入等,但其具体发病机制仍不明确,因此,研究其发生发展机制对寻找其新的治疗方案至关重要。……
