张磊，郑敏玲，王亚，柴海云，邓光远，朱庆义，陈茶，屈平华

(1.广州金域医学检验中心有限公司微生物室，广州 510330；2.广州中医药大学第二附属医院/广东省中医院检验医学部，广州 510006；3.泽塔生物科技(上海)有限公司，上海 201203)

·临床实验研究·

基于高通量测序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鉴定中的应用

张磊1，郑敏玲2，王亚3，柴海云1，邓光远2，朱庆义1，陈茶2，屈平华2

(1.广州金域医学检验中心有限公司微生物室，广州 510330；2.广州中医药大学第二附属医院/广东省中医院检验医学部，广州 510006；3.泽塔生物科技(上海)有限公司，上海 201203)

目的 对一溺水性肺炎患者血液标本中分离的弗朗西斯菌(编号Wenzhou1)进行菌种鉴定。方法 采用Illumina二代测序平台2000/miSeq系统对实验菌株进行高通量测序，MicrobeTrakr Plus软件对测得的全基因组草图进行序列拼接。在GenBank数据库中，对实验菌株的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列进行NCBI BLAST分析，获得与实验菌株遗传关系接近的近缘菌种信息。Java 8运行环境，OrthoANI软件对实验菌株和近缘菌种进行全基因组序列NCBI BLAST搜索和全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity，ANI)分析。结果 测得的弗朗西斯菌Wenzhou1的基因组大小为1.96×106bp，含74个重叠群(contigs)。基因组G+C mol%为32.1%，与其他弗朗西斯菌和另弗朗西斯菌一致。GenBank数据库NCBI BLAST分析结果显示，Wenzhou1的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列与西班牙弗朗西斯菌FSC454和“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523最为近缘。ANI分析显示，实验菌株Wenzhou1与西班牙弗朗西斯菌FSC454的ANI为97.8%，与“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523的ANI在97.5%～97.6%之间，而与土拉弗朗西斯菌的4个亚种的ANI在91.3%～91.5%之间。……