苹果YABBY基因家族的鉴定、进化及表达分析
2017-08-07邵红霞陈鸿飞吴海芹赵彩平韩明玉
邵红霞,陈鸿飞,张 东,吴海芹,赵彩平,韩明玉
(西北农林科技大学 园艺学院,陕西 杨凌 712100)
苹果YABBY基因家族的鉴定、进化及表达分析
邵红霞,陈鸿飞,张 东,吴海芹,赵彩平,韩明玉*
(西北农林科技大学 园艺学院,陕西 杨凌 712100)
从苹果全基因组范围内共鉴定出13个YABBY基因,通过聚类分析将其分为YAB1/YAB3、YAB2、INO、YAB5和CRC 5个亚家族。MdYABBY基因分布在苹果的9条染色体上,在第16条染色体上分布最多。MdYABBY蛋白长度介于60~538个氨基酸,等电点为4.84~9.81,所有MdYABBY蛋白都包含有锌指结构和YABBY 两个保守结构域,同一个亚家族内的成员表现出相似的基因结构和蛋白保守基序分布;基因顺式作用元件分析发现,MdYABBY基因包含许多与抗逆和激素响应有关的作用元件。基因表达分析发现,MdYABBY基因在花、果和叶中的表达量较高,5个MdYABBY基因在果实发育的3个时期均明显地上调表达。
苹果;YABBY基因;聚类分析;进化;基因表达
转录因子能够特异识别并结合于靶基因上游启动子区域的特异DNA序列模体,使其转录激活或抑制,从而调节植物的生长发育[1-2]。根据转录因子蛋白质序列中特异DNA结合域的不同,可以将转录因子分为不同的家族[3-4]。一些转录因子同时存在于植物和动物,如HB(同源异型盒蛋白)、HSF(热激转录因子)等;也有一些转录因子是植物特有的,比如WRKY转录因子[5]、YABBY转录因子[6-7]。其中,YABBY转录因子包含2个保守结构域:N端的锌指结构域和C端的YABBY结构域[8];除锌指结构域和YABBY结构域以外,不同亚家族基因编码的蛋白通常还具有以该亚家族为特点的其他保守结构域[9]。……
