徐细建，郭睿，骆群，熊翠玲，梁勤，张串联，郑燕珍，张曌楠，黄枳腱，张璐，李汶东，陈大福

（1福建农林大学蜂学学院，福州 350002；2江西省养蜂研究所，南昌 330201）

中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定

徐细建1，郭睿1，骆群2，熊翠玲1，梁勤1，张串联2，郑燕珍1，张曌楠1，黄枳腱1，张璐1，李汶东1，陈大福1

（1福建农林大学蜂学学院，福州 350002；2江西省养蜂研究所，南昌 330201）

【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂（Apis cerana cerana，简称中蜂）幼虫肠道参考转录组进行de novo组装，并进行功能及代谢通路注释，进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫，将纯化的蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis，简称球囊菌）孢子饲喂3日龄幼虫，剖取 4、5和 6日龄幼虫肠道，液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行 Illumina测序。通过对raw reads的过滤得到clean reads，利用Trinity软件组装得到unigenes。通过BLASTx（E-value＜10−5）比对NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库，对unigenes进行功能和代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索，并利用Primer Premier 5软件设计特异性SSR引物，通过常规PCR对来源于北京、辽宁兴城和四川成都的中蜂幼虫肠道样本进行SSR位点鉴定。【结果】中蜂幼虫肠道的RNA seq共得到35 670 000条reads，de novo组装得到43 557个unigenes，平均长度为898 nt。共有18 225个unigenes可被注释到上述公共蛋白数据库，单独注释到NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库的unigenes数分别为3 899、443、37和10个。KOG注释结果显示，11 442条unigenes分布于25个基因家族，其中注释到RNA加工和修饰家族的基因数最多，达1 249个。9 679个unigenes的GO分类结果显示，在生物学进程分类中，注释到细胞进程的基因最多，达4 201个，在分子功能和细胞组分类中，注释到结合与细胞的基因数最多，分别为4 935和2 900个。……