高 坤，尚梦珂，钱荷英，覃光星，郭锡杰

（江苏科技大学生物技术学院/中国农业科学院蚕业研究所，江苏镇江 212018）

家蚕感染二分浓核病毒（镇江株）的数字基因表达谱分析

高 坤，尚梦珂，钱荷英，覃光星，郭锡杰

（江苏科技大学生物技术学院/中国农业科学院蚕业研究所，江苏镇江 212018）

【目的】筛选家蚕与二分浓核病毒（Bombyx mori bidensovirus Zhenjiang strain，BmBDV-ZJ）感染相关的差异表达基因，鉴定家蚕与病毒感染有关的调控基因，为进一步阐明家蚕抗BmBDV-ZJ的分子机制提供理论依据。【方法】采用Illumina高通量测序技术，构建家蚕品种JS口服感染BmBDV-ZJ的数字基因表达谱，为排除个体间差异，以10头蚕作为一个样本用于DGE检测。样本中基因的差异表达检测通过严格的运算法则进行，对差异检验的P值（P value）作多重假设检验校正，通过控制FDR（false discovery rate）来决定P值的域值。本研究中，差异表达基因定义为FDR≤0.001且差异倍数在2倍及以上（|log2ratio|≥1）的基因。采用基因本体论（GO）分类体系确定所有差异表达基因可能的功能。用GO计算P值和bonferoni校正。选用校正P值≤0.05作为基因组显著富集的阈值。WEGO软件用来视化、比较和绘制GO注释结果。利用KEGG数据库进行通路富集分析,进一步确定显著富集代谢途径或信号传导途径，Q值≤0.05的通路指定为DGEs中的显著富集通路。通过qRT-PCR方法对部分差异表达基因进行验证。【结果】感染组和对照组分别得到4 850 663和4 875 307个原始标签,去除低质量标签后，分别得到4 757 934和4 788 406个清洁标签，对应的标签种类数量分别为62 436和63 680种。两个文库间的清洁标签和清洁标签种类的数量在不同拷贝区间分布类似，感染组和对照组样本的测序量分别为3.5 M和3.7 M，测序深度符合试验的要求，两样本的DGE数据是可信的。……