上调基因-11(URG11)生物信息学与功能分析
2016-10-13姚杨苏杰刘凯歌徐锐
姚杨 苏杰 刘凯歌 徐锐
(西安医学院第一附属医院,西安 710077)
上调基因-11(URG11)生物信息学与功能分析
姚杨 苏杰 刘凯歌 徐锐
(西安医学院第一附属医院,西安 710077)
应用基因芯片技术获取以稳定转染HBx基因的肝癌细胞HepG2(HepG2-X)Y,以及非转染的肝癌细胞HepG2的差异表达基因,利用生物信息学方法对其进行初步分析表明,该蛋白基因编码673个氨基酸,预测分子量为17.06 kD,理论等电点为4.83,定位于细胞核,具有转录调控、生长因子、信号传导的功能,同源性分析结果表明,其碱基序列与已经报道的其他12个物种的相似率为76%-97%,且符合种属之间的进化关系。
乙肝相关性肝癌;生物信息学分析;URG11;HBx
目前,我国每年约有11-13万人死于原发性肝癌,占全球肝癌死亡数的半数之多。在诱发肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的众多因素中,乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染占到50%以上[1-3]。流行病学和分子生物学研究认为HBV是HBV相关性HCC发生的高危因素。HBx(Hepatitis B virus X protein)是HBV四个开放读码框架中X编码的一种病毒多功能蛋白,研究发现X基因表达产物(HBx)在肝癌形成过程中参与肝癌血管生成,但作用机理并不明确[4,5]。URG11(upregulated gene11)是一个可被HBx蛋白上调的基因,能促进肝癌细胞G1期向S期进展,与肿瘤的发生、发展和转移密切相关的基因[6,7]。
URG11与肿瘤关系的相关的报道已经很多,但并未对其进行详细的生物信息学分析。本实验通过HBx基因稳定转染的HepG2细胞为实验组,非转染的肝癌细胞HepG2为对照组,通过Agilent人全基因芯片筛选差异表达基因,通过生物信息学方法对其进行分析,旨在为HBV相关肝癌的发生、转移的诊断、靶基因治疗和预后评估提供参考。……
