黄志刚，洪秋娜，陈婷婷，李戈楠，何　臻，伦嘉欣，林　婉，赖玉仙，杨　威，邓俏莲

(广东医学院公共卫生学院东莞市环境医学重点实验室，广东东莞 523808)



食管癌易感基因C20orf54的生物信息学分析*

黄志刚，洪秋娜#，陈婷婷，李戈楠，何臻，伦嘉欣，林婉，赖玉仙，杨威，邓俏莲

(广东医学院公共卫生学院东莞市环境医学重点实验室，广东东莞 523808)

目的利用生物信息学方法对食管癌易感新基因C20orf54进行特征分析和功能预测，以获得该基因及其编码蛋白更多的功能提示。方法应用Blat、Blast、ProtParam、SOPMA、ScanProsite、SignalP4.1、TMHMM、PSORT和UniGene等软件或数据库,进行染色体定位、序列的相似性比较、理化性质、二级结构、亚细胞定位、功能位点识别。采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)，验证C20orf54基因在食管癌细胞和鼻咽癌细胞中的表达情况。结果C20orf54基因进化保守，蛋白质不稳定，具有疏水性，定位于细胞膜的可能性最高，序列中预测有蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点及N-豆蔻酰化位点。二级结构主要是α螺旋和无规则卷曲。C20orf54基因可在食管癌细胞和鼻咽癌细胞中表达。结论人类C20orf54蛋白是定位于细胞膜上的不稳定疏水蛋白，可能在体内参与多种生物学过程，但可能并不是在食管癌组织特异表达的分子标志。

食管肿瘤；生物信息学；C20orf54

食管鳞状细胞癌(简称食管癌)是全世界十大恶性肿瘤之一，具有特定区域高发的特点。世界上食管癌发病率和病死率最高的地区集中在我国的河南、河北和山西三省交界的太行山地区，食管癌仍是这些地区肿瘤相关死亡的主要原因[1]。……