王楷宬，庄青叶，张笑春，邱　源，王　通，侯广宇，刘　朔，王素春

(中国动物卫生与流行病学中心，青岛 266032)



高通量测序分析20株禽流感病毒全基因

王楷宬*，庄青叶，张笑春，邱源，王通，侯广宇，刘朔，王素春

(中国动物卫生与流行病学中心，青岛 266032)

摘要：为探索使用高通量测序测定和分析禽流感病毒全基因的方法，使用Ion Torrent PGM测序仪对20株自华东地区分离的禽流感病毒进行全基因测序，分析该方法的优缺点，以及此20株病毒的基因组特性和进化特征。结果显示，应用Ion Torrent PGM测序仪能够测出全部20株病毒的全基因，确定其均为H9亚型h9.4.2.5分支的低致病性毒株，NA基因均为N2亚型，并分析了其6个内部基因分子演化关系。说明高通量测序可用于禽流感病毒全基因分析。

关键词：高通量测序；禽流感；全基因；分子演化

禽流行性感冒病毒(avian influenza virus，AIV)简称禽流感病毒，属于正黏病毒科、甲型流感病毒属。甲型流感病毒粒子表面有血凝素(hemagglutinin，HA)和神经氨酸酶(neuraminidase，NA)两种表面结构蛋白，根据HA和NA的抗原性差异可分别将其分为18种H亚型(H1～H18)和11种N亚型(N1～N11)[1-3]。AIV在家禽和水禽中广泛存在，引起禽类的全身性或呼吸系统性疾病[4]。鸡、火鸡、鸭和鹌鹑等家禽及野鸟均可感染，且发病情况不一，有的急性死亡，有的感染后无明显症状。

AIV是单股负链RNA病毒，其基因组由8个单股负链RNA片段组成，每个基因在3′末端和5′末端都带有12～13个保守核苷酸序列。这8个片段可编码10种蛋白质，其中8种蛋白质(HA、NA、PB1、PB2、NP、M1、M2和PA)为结构蛋白，NS1和NS2为非结构蛋白，位于宿主细胞的细胞质中[5]。低保真RNA聚合酶可引起流感病毒的高突变率，以及基因重组，均可使流感病毒呈现分子多样性，使每个病毒亚型可进化为多个分支[6]。……