敖元云　虞结梅　李莉莉　靳淼　段招军



·论著·

诺如病毒河北卢龙株NHBGR59全基因组序列分析

敖元云虞结梅李莉莉靳淼段招军

100052 北京，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所腹泻室

【摘要】目的分析河北卢龙县腹泻儿童粪便标本中存在的诺如病毒株NHBGR59的全基因组序列，了解其基因结构特点和进化特征。方法根据454高通量测序获得的两个重叠群(contig)和诺如病毒参考株序列(GenBank登录号KM198534)设计NHBGR59特异性引物，用重叠反转录聚合酶链反应(Reverse transcription PCR，RT-PCR)和cDNA末端快速扩增的技术(rapid-amplification of cDNA ends，RACE)的方法扩增其全长基因，经过分子克隆、测序获得全基因组序列，然后进行三个开放阅读框(Open Reading Frames，ORFs)序列和系统进化树的分析。结果诺如病毒河北卢龙珠HBGR59病毒全基因组全长为7 563 bp(除了PolyA尾)，病毒基因组分为三个ORFs：ORF1(5～5 098 nt)、ORF2(5 079～6 731 nt)和ORF3(6 731～7 510 nt)，其中ORF1和ORF2之间有20 bp重叠，ORF2和ORF3之间有1 bp重叠。经过全基因组序列分析发现其和基因组II基因型6(genogroup II GenotypeVI, GII.6)诺如病毒株30443同源性最高(同源性为98.0%)。ORF2以及ORF3核苷酸和氨基酸序列与株30443同源性最高(分别为97.0%，98.0%；99.0%，98.0%)。ORF1的基因和氨基酸序列与台湾暴发的急性胃肠炎GII.6株11-FJ-5(GenBank号KM461694)同源性最高(99.0%，99.3%)，只在高突变P2区发生一个氨基酸突变位点：aa308D→N；其中衣壳区的氨基酸序列与其他GII.6型诺如病毒相似度为73.0%～99.3%。进化树分析发现河北卢龙株HBGR59与GII.6型株30443和11-FJ-5亲缘关系最近。结论河北卢龙株HBGR59为诺如病毒GII.6型，进化关系上与已报道的GII.6型株30443和11-FJ-5最近。

【主题词】诺如病毒；GII.6型；进化树；基因组

Fund program: National Natural Science Foundation of China (81290345)

诺如病毒(Norovirus，NoVs)是一种单股、无包膜的RNA病毒，属于杯状病毒属，是引起儿童和成人非细菌性胃肠炎的最主要病原体[1-2]。……