一株野鸟源H3N8亚型流感病毒分离株的全基因组序列分析
2016-07-19程子兵邓国华陈化兰
兰 玲,王 涛,王 晶,程子兵,邓国华,陈化兰
(1. 新疆动物卫生监督所,新疆乌鲁木齐,830011;2. 塔城市动物疫控中心,新疆塔城 834300;3.中国农业科学院哈尔滨兽医研究所/兽医生物技术国家重点实验室/农业部动物流感重点实验室,黑龙江哈尔滨 150001)
一株野鸟源H3N8亚型流感病毒分离株的全基因组序列分析
兰 玲1,王 涛1,王 晶3,程子兵2,邓国华3,陈化兰3
(1. 新疆动物卫生监督所,新疆乌鲁木齐,830011;2. 塔城市动物疫控中心,新疆塔城 834300;3.中国农业科学院哈尔滨兽医研究所/兽医生物技术国家重点实验室/农业部动物流感重点实验室,黑龙江哈尔滨 150001)
摘 要:本研究对2014年从新疆额敏县分离到的一株野鸟源H3N8亚型流感病毒A/wild bird/Xinjiang/S3525/2014 (H3N8)进行了全基因序列和进化分析。序列分析显示,HA裂解位点序列为339PEKQTR-GLFG348,为典型的低致病性禽流感病毒特征,NA基因具有6个潜在的糖基化位点,与病毒株A/mallard/Czech Republic/14333-1K/2011(H3N8)核苷酸高度同源(97.7%)。该毒株的内部基因来源较复杂,其PB1、NP基因分别与A/ruddy shell duck/Mongolia/921C2/2009(H7N1)和A/wild duck /Korea /MHC39-26/2011(H7N9)的同源性最高,其余内部基因与H2、H3、H6、H7等亚型禽流感病毒分离株同源性最高,呈现明显的异源性。除PB2基因外,其余基因片段均来源于野鸟源禽流感病毒。
关键词:流感病毒;H3N8亚型;基因组分析
野鸟作为禽流感病毒(AIV)的天然宿主、携带者及传播者,已从中分离到H1~H16、N1~N9[1]多种亚型病毒。在野鸟中分离到的H3亚型病毒并不少见。2008年郭亮等[2]在三江国家级自然保护区的野鸟中分离到H3N8亚型流感病毒,2006—2010年从洞庭湖采集的47只野鸟中也分离到一株H3亚型流感病毒[3]。H3亚型流感病毒具有较广泛的感染宿主谱,能够感染禽类、哺乳动物[4-5],且是人流感病毒的一个主要亚型,还可引起马流感,偶尔暴发的猪流感也与H3亚型有紧密联系[6],因此加强对H3亚型流感病毒的研究有着重要意义。……
