分月扇舟蛾颗粒体病毒蛋白基因的序列测定和分析
2015-07-13李海霞曹焱白卉等
李海霞 曹焱 白卉等
摘要[目的]分析分月扇舟蛾颗粒体病毒蛋白基因的序列。[方法]针对分月扇舟蛾颗粒体病毒granulin基因进行PCR扩增,分析其核苷酸组成和氨基酸序列。[结果]测序得到498 bp的核苷酸序列片断,GC含量47.9%,AT含量52.1%。该基因蛋白序列等电点为5.42,分子量1.981 9×104 Da。蛋白质的二级结构主要由α螺旋(38.55%)、β折叠(18.07%)、β转角(10.24%)和无规卷曲(33.13%)组成,其中,α螺旋为主要结构。[结论]分月扇舟蛾颗粒体蛋白基因与杨扇舟蛾的相似性最高,亲缘关系最近。
关键词分月扇舟蛾; 颗粒体蛋白基因;序列测定
中图分类号S188文献标识码A文章编号0517-6611(2015)07-032-03
分月扇舟蛾(Clostera anastomosis L.)是杨树的暴发性食叶害虫之一,在东北地区主要发生在杨树的人工林和次生林中,经常造成严重的危害[1]。分月扇舟蛾颗粒体病毒作为颗粒体病毒的一种,在农业病虫害防治中发挥了很大的作用,但其基因水平的研究较缺乏[2],笔者首次报道了分月扇舟蛾颗粒体病毒的颗粒体蛋白基因,它的测定为以后其他基因的筛选以及分月扇舟蛾颗粒体病毒基因组文库的构建提供一定的参考价值。
1材料与方法
1.1试验材料
病毒的分离:从杨树林间采集病死幼虫,保存在4 ℃冰箱中。虫尸经过研钵研磨、三层纱布过滤,采用差速离心法纯化病毒。滤液先以800 r/s 低速离心20 min,离心3次,去掉沉淀,再以12 000 r/s高速对上清液离心30 min,离心3次,最后得到的白色沉淀即为纯化的GV[3]。
1.2试验方法
1.2.1蛋白基因的纯化和DNA的提取。
取纯化的病毒悬液,加400 μl碱解液(0.1 mol/L Na2CO3,0.15 mol/L NaCl,0.001 mol/L EDTA,pH 10.5),碱解2 h,加入SDS静置30 min,溶液变清,12 000 r/min离心5 min,取上清液,用500 μl酚、酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶1)各抽提1次,上清液用2倍体积无水乙醇沉淀,75%乙醇洗涤,最后得到的DNA沉淀溶于30 μl水中,保存于4 ℃冰箱中。……
