孙双燕,李东方,张团,张胜利

（河南科技学院,河南新乡453003）

小麦SOD基因的电子克隆及生物信息学分析

孙双燕,李东方,张团,张胜利

（河南科技学院,河南新乡453003）

以NCBI中的EST数据库为主要数据来源,以一系列生物信息学软件为工具,进行了超氧化物歧化酶（SOD）基因的电子克隆及生物信息学分析.结果表明：通过电子克隆方法获得了SOD基因的编码区全长序列,该预测的SOD蛋白质氨基酸序列与数据库中同类基因的蛋白质氨基酸序列具有极高的相似性,并且含有完整的保守结构域；电子克隆到的SOD基因编码的不是分泌蛋白,也不是膜蛋白,而是胞质蛋白.通过某个基因的一个EST序列采用电子克隆的手段进行基因全长的电子拼接是可行的.

SOD基因；电子克隆；小麦

超氧化物歧化酶（superoxide dismutase,SOD）是一种源于生命体的活性物质,能消除生物体在新陈代谢过程中产生的过量的超氧自由基类有害物质.SOD具有防止小麦细胞膜过氧化功能,在小麦干旱、寒冷、贫瘠、病害等逆境环境下含量会增加,对小麦正常生长起保护作用.因此,SOD基因的克隆对于小麦SOD相关的逆境抗性机理研究具有重要的理论意义[1],对小麦分子育种也具有一定的参考价值.研究还发现, SOD能影响小麦花药的育性[2].对于小麦来说,其庞大的基因组（约17 G,是人类基因组的5倍多）、异源多倍体（异源六倍体）使功能基因克隆非常困难.随着高通量二代测序技术的不断成熟与广泛应用,转录组测序、EST测序等累积了海量的DNA序列……