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六种猫科动物线粒体基因组比较

2013-07-05柳建国诸立新

滁州学院学报 2013年2期

魏 磊,柳建国,刘 芳,诸立新

线粒体基因组(mitochondrial genome,mtDNA)是核外遗传物质,具有分子小、结构紧凑、演化快速、种间差异大、种群内稳定性高、母系遗传及无重组等特性[1-3]。近年来,线粒体全基因组序列比较分析作为一种基因进化的模式已被广泛地应用于分子动力学、比较遗传学、物种进化和系统关系的研究[4]。

猫科动物的线粒体是一种双链DNA分子,含有13个左右的蛋白编码基因、2个rRNA和22个tRNA基因。在线粒体基因组所编码的37个基因中,NADH 2、NADH 4、12/16SrRNA、Cyt b和D-loop区等材料相继被用于猫科动物的系统学研究[5-6]。全球现存37种动物猫科动物(Felidae),而线粒体全序列测序的物种较少,因而补充该类群线粒体全序列有利于正确地解决其存在的系统发育问题。本文测定了豹(Panthera pardus)、虎(Panthera tigris)和雪豹(Panthera uncia)线粒体基因组全序列,并与猫(Felis catus)、猎豹(Acinonyx jubatus)和云豹(Neofelis nebulosa)线粒体基因组全序列进行比较分析,为猫科动物线粒体谱系基因组学的研究提供新的数据资料。

1 材料与方法

1.1 线粒体DNA提取和扩增

用线粒体萃取试剂盒(GENMED Scientifics Inc.,USA)抽提与萃取线粒体DNA。根据Gen-Bank已公布的家猫、猎豹和云豹线粒体基因组全序列及虎的部分线粒体基因组序列,利用Oligo 6.0软件设计出34对引物。PCR反应都在PTC-200型DNA扩增仪上进行。反应总体系为30μL,其中含有10mmol Tris-HCl(pH 8.3),50mmol KCl,1.5mmol MgCl2,100μmol dNTPs,引物各0.25μmol,1UTaq DNA 聚合酶,总DNA约25ng。反应程序为:94℃变性45s,52~60℃复性50s,72℃延伸50s,共进行32个循环。循环前95℃预变性5min,循环后继续延伸7min。扩增得到的PCR产物于1%琼脂糖电泳检测。

1.2 测序及序列分析

扩增得到的PCR产物用DNA凝胶回收试剂盒回收后,送上海生工生物工程技术服务有限公司进行双向测序。……

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