石会娜，栗海波，刘 伟

郑州大学生物工程系郑州450001

(2011-01-14收稿 责任编辑 徐春燕)

2009年3月以来，一种新的H1N1流感病毒的暴发引起了全球越来越多的关注。世界卫生组织推荐奥司他韦为最为有效的抗病毒药物。然而，截止到2010年2月，世界卫生组织宣布已有200多例H1N1病例对奥司他韦产生抗药性［1］。神经氨酸酶(NA)在流感病毒复制、释放和致病过程中起着非常重要的作用。奥司他韦是NA的抑制剂，能够有效阻止流感病毒NA发挥以上功能，从而达到较好的治疗效果。甲型流感病毒NA活性位点的结构在所有类中都是保守的，但是活性位点氨基酸残基的改变有可能使病毒对奥司他韦产生抗药性［2］。作者在GenBank中发现一株新H1N1流感病毒的NA活性位点151位由天冬氨酸突变成了甘氨酸(D151G)，并通过分子动力学方法观察了该流感病毒株对奥司他韦的抗药性，再利用分子对接方法筛选出对这一病毒株的NA具有较强抑制作用的候选化合物。

1 材料与方法

1.1 分子动力学模拟

D151G突变株NA氨基酸序列由GenBank获得(序列号:GQ369413.1)，其结构是以野生型禽流感H5N1病毒NA和奥司他韦复合物(WT-OTV)的晶体结构(PDB Code:2HU4)为模板通过同源建模得到，两者氨基酸序列相似性为90.4%，然后再将WT-OTV和D151G突变株NA的结构叠加，删除掉WT-OTV的NA后就得到了D151G突变株NA与奥司他韦复合物(MT-OTV)的结构。

分别用WT-OTV和MT-OTV的结构作为初始结构进行分子动力学模拟。蛋白质的力场采用ff99力场［3］，小分子的力场采用 gaff力场［4］。利用Gaussian 03软件［5］的 HF/6-31G*方法优化小分子的结构，再应用antechamber程序产生gaff力场中缺失的小分子参数。……