丁浩强 叶 欣 罗广平 陈扬凯 (广州血液中心,广州 510095)

短串联重复序列(Short tandem repeat,STR)是指基因组中小于10个核苷酸的简单重复序列,又称微卫星序列(Microsatellite,MS)或者简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR),一般为2～6个碱基重复,如(CA)n、(GT)n、(CAG)n 等,尤以(CA)n 重复序列最为常见,其长度由重复单位的拷贝数决定。STR在整个基因组中广泛分布,平均每10 kb出现一个,根据GenBank等数据库的资料统计,23对染色体上至少分布着7 901个STR基因座[1],其重复单位数目的改变使之具有高度多态性,但STR基因座的突变率介于0～0.492%[2],在家系中可以稳定遗传。因此可应用于移植术后监测、遗传制图、遗传距离、基因定位、法医学鉴定、人类学以及遗传病(如先天愚型21三体)诊断等许多领域的研究中[3-6]。我们通过对156名广州地区汉族无关个体的STR位点分型统计,建立了 D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338 、D19S433、vW A 、TPOX 、D18S51、D5S818、FGA 等 15个位点的群体遗传学资料,并对其在广州地区汉族人群的遗传标记指标进行评价。

1 材料与方法

1.1 样本采集 收集156份广州地区汉族无亲缘关系个体静脉血(柠檬酸钠抗凝)2～3 ml,淋巴细胞分离液(密度=1.077 L)分离白膜层。用QIAGEN DNA提取试剂盒(QIAGEN公司)提取DNA,详细步骤见试剂盒说明书。

1.2 PCR复合扩增 采用Applied Biosystems公司AmpFl STR○RIdentifilerTM试剂盒扩增,检测 D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA 、TPOX、D18S51、D5S818、FGA共15个STR基因座和Amelogenin性别基因座,详细操作参照说明书。

1.3 数据分析 记录每个样本的基因型,计算等位基因频率,对所得群体遗传学数据进行Hardy-Weinberg平衡检验,依据Modified-powerstate标准版计算法医学遗传标记评价指标,包括杂合度(Heterozygosity,H)、多态性信息含量(Polymorphism information contents,PIC)、匹配概率(Probability of matching,Pm)、个体识别力(Discrimination power,DP)和非父排除概率(Excluding probability of paternity,EP)。

2 结果

2.1 无血缘关系个体的基因型 15个STR基因座在所观察的156份样本中的等位基因频率见表1,根据各样本基因型及等位基因频率,经 χ2检验表明,各基因座的群体基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。……