维氏气单胞菌吉林分离株外膜蛋白AⅡ基因的克隆及生物信息学分析*
2011-01-24单晓枫吴同垒孟庆峰王伟利钱爱东
单晓枫,吴同垒,孟庆峰,王伟利,钱爱东
维氏气单胞菌吉林分离株外膜蛋白AⅡ基因的克隆及生物信息学分析*
单晓枫1,吴同垒1,孟庆峰2,王伟利2,钱爱东1
目的 克隆维氏气单胞菌(Aeromonas veronii,AV)吉林株外膜蛋白AⅡ(OMPAⅡ)基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析。方法根据维氏气单胞菌已知OMPAⅡ基因序列设计合成一对引物,通过PCR技术扩增OMPAⅡ基因,并将其克隆到p MD18-T载体上,阳性重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定,通过Blast N分析维氏气单胞菌OMPAⅡ基因序列与其他菌种OMPAⅡ序列同源性,并构建系统进化树,同时对维氏气单胞菌OMPAⅡ蛋白进行生物信息学分析。结果克隆基因长1 001 bp,与GenBank报道的基因序列同源性为95%,生物信息学软件分析OMPAⅡ蛋白无跨膜区,其N端含有1个信号肽,二级结构以β折叠和β转角为主,有10个区域可能存在B细胞抗原表位。结论成功的克隆维氏气单胞菌OMPAⅡ基因,并对OMPAⅡ蛋白的相关生物信息学进行了分析。
维氏气单胞菌;外膜蛋白AⅡ;克隆;序列分析;生物信息学
维氏气单胞菌(Aeromonas veronii,AV)是1983年美国疾病预防与控制中心为纪念法国微生物学家Veron而将9株气单胞菌属的新种命名,其广泛分布于水体与陆地环境中,可以感染多种恒温及变温动物,甚至感染人。做为一种新型水生动物病原菌,近年,已有相当多的病例报道,感染水生动物的种类更是多样[1-5]。而有关感染人的病例也有增多的趋势,其可引起多种炎症:胃肠炎、脑膜炎、败血症、腹膜炎等,甚至有报道称AV可引起人的溶血性尿毒综合症和弥漫性血管溶栓[6-8]。AV做为一种新型的人-兽-鱼共患病原菌,应当引起人们的足够重视。……
