医疗保险谈判的实质是参与谈判各方观念和利益的博弈。只有正确处理医疗保险经办机构与医疗机构的关系，将两者之间的非合作博弈关系转变为合作博弈关系，才能达到双赢的效果。在谈判机制的建立有三个问题亟待解决：首先是谈判实力问题。目前医保部门对医院的影响力不足，这直接导致了医保机构和医疗机构的实力不对称。医保机构作为广大参保人员医疗消费的总代表，应增强谈判实力去和医疗服务提供方进行服务质量、服务价格等方面的谈判。其次是信息不对称问题。医疗服务的提供方掌握着医疗机构运营和诊疗服务中的所有信息，而医保机构只能从事后的费用补偿等方面获得不完全信息，也较难掌握医疗机构提供诊疗服务的全过程和影响服务绩效的所有因素。应该留出充足的时间和经费给各方做相关的实地调研准备，获得相对充足可信的资料将更有利于谈判的进行。第三是谈判主体之间的平等性问题。目前，医保机构更多倾向于使用具有“行政色彩”的刚性手段管理医疗机构。单纯依靠行政命令难以协调各方主体的利益。只有建立在共同参与、平等协商基础之上的谈判，才能够制定出科学合理的费用支付方式和质量控制体系，规范各方主体行为。